在我们的工作中，常常会有将一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻译成氨基酸序列的需求。如果编程基础过硬的话，自己写个代码翻译三联密码子，正义链和反义链各三个移码阅读框。...
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如何将核酸序列转化为蛋白氨基酸序列（web tools篇） -
Mafft--用于多序列比对最近由于要做phylogenetic tree.所以涉及到了N多软件，包括很多步骤都要重新熟悉。理论上，你有了reads,其实直接用mega就可以满足你的需求，但是有时候上帝...
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Prottest进行氨基酸替代模型预测首先，氨基酸替代模型是什么我现在还不知道，希望有一天能摸索出来 万事开头难之下载 要挂个梯子https://github.com/ddarriba/prottest3/rel...
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PDBFixer PDB修复利器
介绍 官方网站:https://github.com/pandegroup/pdbfixerPDB文件通常有一定的稳定从而必须在进行分子动力学模拟之前进行修复。具体的修复一般...
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蛋白质结构预测与分析常用网址（中）
蛋白质三级结构预测方法： 1. 同源模建 homology modeling 2. 折叠识别 fold recognition 3. 从头计算 ab initio metho...
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GEO数据库dataset和profiles区别GEO Database 近年来，利用高通量方法检测基因表达越来越普及，诸如微阵列杂交和基因表系列分析（SAGE）可以同时测量数以万计的基因转录脚本（gene transcr...
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使用IQ-TREE构建系统进化树最近投文章，审稿人问了一个关于系统进化树的问题。 Reviewer: 1 I still don't understand, why authors sequence 486...
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【软件使用】PyMol入门教程主要讲述PyMOL中常见的图形界面（鼠标）操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点...
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pip/conda/mamba安装拓展人生活的就是个过程，无悔就是最高境界！ Conda 是⼀个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。Conda 主要是为...
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Conda 安装使用详解介绍 开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题 支持语言包括 Python，R，Ruby，Lua，Scala，Ja...
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R语言读 csv 文件中文乱码解决方法
问题描述： R语言 read.csv()，csv文件中的中文显示出来是这样的 解决方法： 运行结果 其他思路记录： 【2020-06-12】每天进步一点点，记录点滴成大海~
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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Bioconda 安装与使用
个人学习笔记，转载链接如下：作者：Hypdoctor链接：http://www.jianshu.com/p/b42e5d8127db來源：简书著作权归作者所有。商业转载请联系...
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在Mac上使用Aspera的完整步骤写在前面的话：在经过以下这些步骤之后，我又发现了用图形界面使用Aspera的办法，简单易懂。详见网址：https://www.jianshu.com/p/36a7af2620...
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教你3种方法下载NCBI GEO数据1.常规下载方式：prefetch 对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fast...
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