教程来源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系统进化树分析文件nwk进行进化树显示和美化，具体可以参考：htt...
IP属地：江苏
-
FigTree进化树批量修改ID -
@惊鸿影 好的，谢谢
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一种根据系统发生树对物种形成、灭绝和性状进化的复杂动力学建模的程序...
-
2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法
description astral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
-
@惊鸿影 就是很慢 我也很奇怪 数据量我感觉不算很大
使用bammtools对bamm分析结果可视化
BAMM的全称是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是贝叶斯，运行后首先就要看看运行是否收敛 结果如下...
-
@惊鸿影 我就150个样 一万六BP 到今天才跑完 一千万代 还没有稳定 我不知道是哪里出问题 就是跑的很慢
使用bammtools对bamm分析结果可视化
BAMM的全称是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是贝叶斯，运行后首先就要看看运行是否收敛 结果如下...
-
BioGeoBEARS软件：老师您知道在计算了祖先分布之后，怎么去计算他的扩散事件有几个吗。
使用BAMM估算分化速率
BAMM(Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures)是一种根据系统发生树对物种形成、灭绝和性状进化的复杂动力学建模的程序...
-
祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
-
它这个在电脑本地运行的时候就是很久吗 我运行了一千万代 一个星期了 才跑六百万 感觉好慢好慢
使用bammtools对bamm分析结果可视化
BAMM的全称是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是贝叶斯，运行后首先就要看看运行是否收敛 结果如下...
-
系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...
-
使用bammtools对bamm分析结果可视化BAMM的全称是Bayesian Analysis of Macroevolutionary Mixtures，使用的方法就是贝叶斯，运行后首先就要看看运行是否收敛 结果如下...
-
@深山夕照深秋雨OvO 好的，怎么确认自己跑没跑结束，我看都有figtre 了，可是结果打开错误。还是说我出错了，结果不对
基因家族的收缩与扩张 与 物种分歧时间的估计
0.软件的安装略1.物种树的构建参见 https://www.jianshu.com/p/336b65ca1b67[https://www.jianshu.com/p/336...
-
你好，算的baseml 结果中并没有替换速率那一行，这是为什么呢
基因家族的收缩与扩张 与 物种分歧时间的估计
0.软件的安装略1.物种树的构建参见 https://www.jianshu.com/p/336b65ca1b67[https://www.jianshu.com/p/336...
-
基因家族的收缩与扩张 与 物种分歧时间的估计
0.软件的安装略1.物种树的构建参见 https://www.jianshu.com/p/336b65ca1b67[https://www.jianshu.com/p/336...
-
mcmctree估算物种分歧时间推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义。通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进展中已经成为了必不可少的“套路...
-
利用核酸序列估算分歧时间需要的文件 1.带有话是标定点的物种树2.比对好的phylip格式序列文件 化石标定点物种树(删除不需要的枝长等信息) 准备phylip格式序列文件 修改fa文件内部序列名字...
-
mcmctree分化时间
利用核酸序列估算分歧时间[https://www.jianshu.com/p/c659a6a0b42b] 前期准备 使用phylosuite对叶绿体基因提取，比对，串联和建树...
-
系统发育树shell工具Newick UtilitiesNewick Utilities是一套用于处理系统发育树的unix shell工具，其功能包括重置根（re-root）、提取子树、修剪、合并枝以及可视化。 Newick Ut...
-
含有时间节点的new 格式怎么弄呢
mcmctree估算物种分歧时间
基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
-
Beast系统发育关系和分化时间的估算(上)以下内容参考了同研究组师弟整理的笔记、和网络资源：Beast v1.8简易手册-修订版 · 语雀 (yuque.com)[https://www.yuque.com/wush...
