入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[https://www.jianshu.com/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）（转发） -
WGBS vs RRBSHow does bisulfite sequencing (WGBS/RRBS) work? DNA甲基化分析是NGS技术中越来越广泛的一项应用。原因很简单:DNA甲基化是...
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R语言_ifelse()函数用法
ifelse()函数 ifelse returns a value with the same shape as test which is filled with elem...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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使用DESeq2标准化之后的数据进行PCA、聚类等可视化
DESeq2进行数据标准化的命令有多种 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 两者的区别在于 前者 are “only” library-si...
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比率中值法。 开篇明义，比率中值...
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DESeq2三种标准化的区别
count标准化 我们构建dds对象以后，可以计算每个文库的标准化因子，那么count函数加normalized=TRUE意味着每一列的基因除以对于的标准化因子，从而实现对文...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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技巧 | StringTie 计算 Raw Counts
featureCounts 不用多说，这里主要介绍 StringTie 自带的计算脚本 prepDE.py，介绍如下： 源代码中 prepDE.py 计算 read coun...
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[R] 如何防止read.table读入数据时列名前自动加上"X."?
最近用之前写的R脚本重新跑数据时，出现了报错。经检查，才发现是数据的列名读入R时发生了变化，列名前自动加上了X.符号。 read.table系列函数有一个check.name...
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2022-09-13 calling peaks问题
1. 利用macs2 callpeak进行 calling peaks，其中有个参数--keep-dup，这是如果输入为过滤掉重复reads的bam文件，这--keep-du...
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RNAseq分析如何选择 参考基因组 和 gtf
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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最大似然法 （2）在系统发育的具体应用以下内容都是基于Christopher P. Randle教授在研究组上交流时的课件整理而来。 Stationary models for Maximum Likelihoo...
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所以row_split到底是怎么根据赋予它的向量进行分割的？这个向量的长度要和数据的行数一致吗？row_split是把这个向量里被赋予相同字母的行分在一个块里吗？有没有更简单的方法比如设置分割点呢？
ComplexHeatmap复杂热图绘制学习——2.单个热图（二）
2.7 热图分割 ComplexHeatmap包的一个主要优点是它支持按行和列拆分热图，以便更好地对按照数据特征进行分组，便于突出显示各组的信息。 控制拆分的参数有：row_...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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awk之RS、ORS与FS、OFS
RS：Record Separator，记录分隔符 ORS：Output Record Separate，输出当前记录分隔符 FS：Field Separator，列（字段）...
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shell中字符串截取命令：cut，printf，awk，sed
cut cut 命令不能在分割符是空格的字符串中截取列，只能是 制表符 或 具体的分割符。 选项 -b ：仅显示行中指定直接范围的内容； -c ：仅显示行中指定范围的字符； ...