入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs） 诺禾致源[https://www.jianshu.com/u/ee00dc6faab7]已关注 0.54220...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）（转发） -
WGBS vs RRBSHow does bisulfite sequencing (WGBS/RRBS) work? DNA甲基化分析是NGS技术中越来越广泛的一项应用。原因很简单:DNA甲基化是...
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R语言_ifelse()函数用法
ifelse()函数 ifelse returns a value with the same shape as test which is filled with elem...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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使用DESeq2标准化之后的数据进行PCA、聚类等可视化
DESeq2进行数据标准化的命令有多种 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 两者的区别在于 前者 are “only” library-si...
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理论 | DESeq2 normalized counts -- Median of ratios method在做基因差异表达分析时，经常会用DESeq2这个包，但一直没有深究其分析的统计流程。因此，在这里记录一下DESeq2校正基因表达的方法 -- 比率中值法。 开篇明义，比率中值...
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DESeq2三种标准化的区别
count标准化 我们构建dds对象以后，可以计算每个文库的标准化因子，那么count函数加normalized=TRUE意味着每一列的基因除以对于的标准化因子，从而实现对文...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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技巧 | StringTie 计算 Raw Counts
featureCounts 不用多说，这里主要介绍 StringTie 自带的计算脚本 prepDE.py，介绍如下： 源代码中 prepDE.py 计算 read coun...
