分子对接分析是基于受体与配体在氢键、疏水键、空间结构等相互作用规律的基础上，预测分子间亲和力及结合模式，实现基于分子结构的药物设计和筛选的一种重要方法。下面详细介绍一个实例：...
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分子对接分析 -
一个神奇的小软件bioawk刘小泽写于18.7.29 写在前面：之前介绍过文本处理的三剑客，grep、sed、awk，也曾说过，学了awk，让一切字符秒变尴尬“awk word”。其中的awk可以说是独...
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5' UTR，3' UTR，Exons， Introns 区别头大 看了几个不清楚的定义把我搞混了 正确清晰的定义 https://en.wikipedia.org/wiki/Untranslated_region和 I think t...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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R语言如何多线程R语言如何多线程 相对于python或者perl来说，R给我的感觉是速度不是太快，有时候部分程序是可以用多线程进行并行运算的。 这里介绍一个包parallel。 方法1： p...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
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BPGA分析细菌泛基因组导读 BPGA是Bacterial Pan Genome Analysis tool的简写，16年发表的工具，17年最后一版更新，内置KEGG COG数据（老了），依赖use...
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Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成？如何使用LEfSe？今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，用于通过相对丰度来发现2个或更多个组之间的生物标记。本节主要...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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R中map循环函数学习
虽然对于R语言的使用者来说，For循环函数比较容易理解也比较容易写，但是对于其他阅读这一脚本的人来说，For循环的可阅读性较差，可能会需要一点时间才能理解。R语言基础包提...
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各类降维方法总结在现实生活中很多机器学习问题有上千维，甚至上万维特征，这不仅影响了训练速度，通常还很难找到比较好的解。这样的问题成为维数灾难（curse of dimensionality）...
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高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重...
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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「生信」同源基因分析——OrthoMCL目录介绍环境配置OrthoMCL使用统计聚类结果最后 介绍 OrthoMCL是一款直系同源基因聚类软件, 它不仅能得到多个物种共有的直系同源基因, 还能够分别获得不同物种特有...
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「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
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周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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南京大学生物学，佛系更新~
