7.1 更新内容 偶然发现有人写了个包，直接用就行，很方便，就是保存文件有点小bug点击链接跳转用法：下载全部文件，在下载目录操作就行。注：需要提前安装svgutils包 参...
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KEGG API 与 iPATH3 批量绘制通路图
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基因功能注释-eggnog mapper目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。新版本包括基因组和功能数据库的全面更新，以及效率增强和几个新功能。 从原始重叠群进行从头基因预测 成对直系同源...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
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R加载包SeuratData出现invalid multibyte string, element 1报错
在加载包SeuratData是遇到了以下报错： 重装还是不解决问题，之前使用也没有出现过报错。 检测.libPaths()路径也是没有问题的，所以有可能为内码冲突问题 在操作...
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跟着BioRxiv学作图：R语言ggalluvial包绘制桑基图论文 Environmentally robust cis-regulatory changes underlie rapid climatic adaptation htt...
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iTAK：在线预测全基因组转录因子TF，转录调节因子TR与蛋白激酶PK前言 康奈尔大学，FeiLab的一个预测工具。 iTAK 是依赖于数据库的用于从蛋白质或核苷酸序列中识别植物转录因子 (TF)、转录调节因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，...
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IKAP----从磷酸化的蛋白质组学数据推断激酶活性
1.背景 蛋白质磷酸化是生物体中较常见的一种蛋白质翻译后修饰方式，它可以通过激发、调节诸多信号通路进而参与调控生物体生长、发育、逆境应激、疾病发生等多种生命过程，所以磷酸化一...
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NetPhos 3.1--蛋白磷酸化位点预测蛋白磷酸化修饰：蛋白磷酸化是一种非常普遍存在的翻译后修饰（Protein post-translational modification，PTM）的一种类型。蛋白质的磷酸化是...
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MOVICS系列教程(一) GET Module
前言 Immugent在之前的推文：整合多组学数据进行分型之MOVICS[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&...
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基因家族分析3 || 蛋白性质和序列分析基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） =====================================================...
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使用Linux版的MEGA构建某一基因家族的基因进化树
最近碰到了个需求，让我构建某一基因家族的进化树，并根据进化关系进行相应的分类。这让我想起了之前上课的时候，一个做进化的老师给我们讲过，如果不是纯做进化方向的课题，MEGA完全...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
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使用R package ggseqlogo 简单绘制sequences logo之前看基因家族相关的文章绘制 sequences logo 基本会使用 meme+webologo 的组合，前一阵子在公众号 R语言中文社区 推送的文章中发现了R语言的 gg...
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2020-05-05使用SignalP对蛋白序列进行信号肽预测
信号肽简介信号肽是蛋白质N-末端一段编码长度为5-30的疏水性氨基酸序列，用于引导新合成蛋白质向通路转移的短肽链。信号肽存在于分泌蛋白、跨膜蛋白和真核生物细胞器内的蛋白中。 ...
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motif分析——从实战到原理（Homer篇）一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
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interpro 注释结果简单分析及可视化Interpro数据库 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库， Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、Pfam...
