1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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单细胞数据处理小细节汇总 -
文献学习：Single hormone or synthetic agonist induces Gs/Gi coupling selectivity of EP receptors via d...这篇文章解析了分辨率更高的EP4激活结构，并且对比了EP4偶联Gs/Gi的结构上的差异。在阐述G蛋白选择性的机制上做的非常细致，个人认为学习本文献后对于提升结构生物学‘讲故事...
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ggpubr包系列学习教程(六)使用ggscatter函数绘制散点图 加载所需R包 基本用法： Usage 常用参数： Arguments 使用示例： Examples 参考来源： https://www....
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常见的OrgDB包，方便对应物种注释
列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 | 物种 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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文库：碱基不平衡
Q: 什么是碱基不平衡? 答：对于一个基因来说，它所包含的碱基种类越多，则碱基复杂度越高；如果各种碱基的百分含量越接近一致（即A、T、C、G分别占~25%），则碱基组成...
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详解内质网应激/未折叠蛋白反应三条信号通路内质网应激： 在细胞当中，内质网（ER）负责将多肽链正确折叠和加工成有功能的蛋白质。一些外源性或内源性因素导致ER内错误折叠或未折叠蛋白质累积，ER的这种应激状态称为内质网应...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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转录因子详细介绍(motif)TF: transcription factor转录因子TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点TFBS是序列内的loc...
