@Athena404 我现在注释完了，用EDTA+repeatmodeler+HiTE，得到库最后注释了大约50%
2024-07-26 关于基因组重复序列的分析大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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EVM整合注释及报错
1 使用conda安装EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者编译上传的，所以pasa的依赖和库都不在，如果是重新创建环境安装EVM的话，需要安装这俩P...
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PASA-alignAssembly PASA配置
安装mysql之后忘记密码了，查看用户，重置密码，加入pasa的用户和密码。 现在已经配置好mysql的用户和密码，可以进入下一步，去除污染序列。 注意有个报错，如果在con...
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提取染色体对应三代hifi数据
近期做hic挂载发现一个物种的染色体有问题，需要把对应两条染色体的三代测序数据挑出，比对到两条染色体上查看深度，以及挑出这部分序列重新拼接，拿到完整的染色体。
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braker3注释基因组基因遇到的问题
1 安装 参照“基因组结构预测|Braker3流程”这篇知乎文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/659050212[https://zhuanlan...
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HiTE注释重复序列
使用conda安装HiTE 我本来打算安装好之后使用conda-pack迁移到服务器使用，运行之后发现有部分依赖并不能被conda-pack迁移，比如LTR识别，以及他们的依...
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我单使用repeatmodeler注释出来大概30%，有一半未知。HiTE注释出来20%，几乎没有未知。EDTA注释也差不多20%。单一的库确实注释不全，我也准备合并TEsorter再跑repeatmasker了。
2024-07-26 关于基因组重复序列的分析
大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...
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个人塔式服务器搭建-生物信息分析本文从1 功能需求，2 硬件选择，3 搭建过程 三个方面来阐述。 1 功能需求 最近在进行植物基因组的组装注释和分析流程，需要一台多线程的linux服务器。之前使用的是wi...
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EDTA注释重复序列报错
使用conda安装好EDTA环境 运行后发现LTR鉴定过程报错 github搜索，发现问题与LTR_retriever有关，遂指定LTR_retriever路径，报错相同。改...
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解决Repeatmodeler运行报错
使用conda安装了Repeatmodeler，版本为Version 2.0.5。在基因组重复序列注释过程中运行时间 过长，而且最终产生的文件中只有families.stk ...
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也没有那么成功，最后改用haphic了
juicer挂载遇到的报错
conda配好环境之后，运行结果如下 经群友指点之后发现，在fastq文件夹中的hic测序文件格式，需要遵循_R1.fastq或者_R1.fastq.gz的命名格式。而且每次...
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juicer挂载遇到的报错
conda配好环境之后，运行结果如下 经群友指点之后发现，在fastq文件夹中的hic测序文件格式，需要遵循_R1.fastq或者_R1.fastq.gz的命名格式。而且每次...
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5才是最终的解决办法，前面都是踩坑
r8s安装遇到的问题
1 r8s 1.81 make show "no rules to target " about memory.0 & erron.h 2 继续报错 3 继续报错 4 ...
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叶绿体注释和注意问题
大致分为以下步骤：1 PGA 批量注释，并得到两个IR区位置2 导入geneious内，与ref-seq align，标出LSC与SSC位置，注释区间需根据IR区的位置修改。...
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blobtools鉴定转录组污染来源方法参考De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa ...
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@云巅之上 用docker的r8s
「基因组学」使用CAFE进行基因家族扩张收缩分析
环境准备 安装软件: 参考「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 安装OrthoFinder，然后再安装CAFE 数据准备: 一共会分析mouse, r...
