写在前面 Emmm，估摸着也有一个来星期没更新。TBtools？也没怎么更新。总的来说，就一个情况：太忙，没时间。但是想来想去，国庆长假还是要做一点平时想做，却又没时间做的事...
发简信
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IGV-GSAman | 多少人梦寐以求的tools? -
单细胞分析流程之Cell Ranger
单细胞分析流程之Cell Ranger 大家好，我是新加入的小编Immujent，很高兴能够在这里和大家一起学习很分享单细胞的分析流程，以后就请大家多多关注啦~ 话不多说，直...
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fasta文件与fastq文件相互转化
fastq转化为fasta 一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种): fasta改为fastq fasta文件缺失信息，假设quality score of 40...
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exomePeak使用过程疑问使用这个软件的原因主要在于前面使用MACS2进行m6A peak calling，下游没有可用的现成的方法衔接此部分结果进行差异peak分析，可能得自己根据文献想办法使用什么...
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ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR前面的学习笔记里，对于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包进行的。前几天在一次偶然的机会里，有幸和一个专门做生信的老外聊了聊（纽约某校的PI），从他那里听说...
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小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解04-rRNA去除数据预处理之后是rRNA去除，这一步骤是可选步骤。 使用Hisat2去除数据中的rRNA的原代码，抠出来看看： 一、rRNA序列下载 在之前的教程中，我使用的NCBI的rRN...
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生信技能树新叶讲师<br>这里是新叶的分身马甲：信你个鬼<br>B站：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fspace.bilibili.com%2F2356770" target="_blank">https://space.bilibili.com/2356770</a><br>欢迎学习交流
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UCSC官网下载TSS.bed文件1.进入UCSC官网（ 2.进入table browser工具后进行选择： track里可以选择NCBI RefSeq或者UCSC gene，这里选了NCBI group一般...
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下载小鼠rRNA序列m6A图文复现03-测序数据去除rRNA序列并且比对到参考基因组 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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解决RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：当使用RStudio Server处理占内存极大的数据后，长时间不清理内存，不关闭rstudio，可能会产生此种问题，建议计算完毕后，尽快清理内存。 当再次打开rs...
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cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）
cellranger是10X GENOMICS单细胞上游分析的软件，主要有4个流程 mkfastq、定量 count、组合 aggr、reanalyze。如果是bcl原始测序...
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热图3：热图行列分组信息注释久等了，接上一次内容。这次我们要让热图更加复杂化。 实际上，有些情况下做热图可能只需要标注对照组、实验组即可。但是大多时候，可以在热图上体现更多信息，比如，除了分组，还有不同...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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专注WGBS Chipseq等数据分析<br>perl python R脚本编辑处理数据
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MACS2 Call Peak 参数详细学习
随着测序技术的进步，染色质免疫沉淀技术被广泛用于研究全基因组蛋白-DNA互作。macs 基于一种新的模型可以很好的识别转录因子结合位点。macs 可以直接应用于ChIP-Se...
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FATAL: could not open image /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab/fithichip: failed to retrieve path for /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab/fithichip: lstat /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab: no such file or directory 请问在运行时这样报错如何处理？
FitHiChIP--从HiChIP/PLAC-seq data计算 calling loop
写在前面，这个软件需要依赖HiC-PRO软件的输出文件作为输入文件！ 官网有非常详细的用户手册，这里只简单介绍用法.1.1 创建虚拟环境 1.1 下载 1.2 下载依赖环境及...
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FitHiChIP--从HiChIP/PLAC-seq data计算 calling loop写在前面，这个软件需要依赖HiC-PRO软件的输出文件作为输入文件！ 官网有非常详细的用户手册，这里只简单介绍用法.1.1 创建虚拟环境 1.1 下载 1.2 下载依赖环境及...
