写在前面 jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇到的基因组学上的问题。 安装jcvi 1.Conda一键安装...
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【基因组学】好用的基因组学工具jcvi的安装及无root权限安装latex
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生信工具2: LiftOver人类参考基因组（如 GRCh37 和 GRCh38）由国际基因组学研究社区定期更新，以改进基因组的完整性和准确性。每次更新可能会导致以下变化：ꔷ 基因组序列的调整：添加或修订...
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【比较基因组】从进化树到分化时间虽然不是学生物或者医学的，但是听了很多生命科学的报告。关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——是生命科学数百年来一直在研究的问...
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Orthofinder运行结果文件解读OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学数据。结果文件在所分析物种的....
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如何利用泛基因组来深度发掘一个物种？
作者：童蒙编辑：amethyst 大豆是一种非常重要的油料和蛋白质来源。为了研究其基因组多样性，需要构建高质量的泛基因组。作者denovo组装了26个代表性的大豆，同时对28...
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2022-09-13 calling peaks问题
1. 利用macs2 callpeak进行 calling peaks，其中有个参数--keep-dup，这是如果输入为过滤掉重复reads的bam文件，这--keep-du...
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multiple whole genome alignment写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
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Minimap2 用户手册
Minimap2 用户手册 概述 名称minimap2 - DNA序列集合之间的映射和比对 内容 简介 描述 选项索引选项映射选项对齐选项输入/输出选项预设选项其他选项 输出...
