在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。 在这篇教程中，我定了一个计划 下一期写一篇Y叔的upsetplot是...
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ChIPseeker的upsetplot是怎么写的 -
Dfoil - 推断祖先基因流-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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Sweepfinder2 检测正选择信号
SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
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植物免疫|NLR蛋白成簇的利与弊动植物为了应对周遭的病原物入侵，在其细胞内部内置了关键的免疫识别蛋白，也就是本篇文章的主角：NLR蛋白。在研究中，人们往往发现NLR蛋白基本是成束或者成簇出现在基因组中。举个...
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【学了就忘】Git介绍 — 4.Git的安装本文讲解Windows下Git的安装 一 、Git的下载 进入官方地址：https://git-scm.com/download/win[https://git-scm.co...
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【三维基因组】TAD分析软件—InsulationScoreInsulation Score是由dekker实验室开发的，软件路径（https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker） 分析原理 总结...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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预测motif的计算原理（extend motif）前言： 蛋白质中功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异性结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在于DNA序列结合时，其结合位点...
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转录因子富集分析转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录...
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生信分析12：如何鉴定重复基因在植物中，基因组的复制事件是频繁发生的，根据发生的范围大小可以分成全基因组复制（Whole-genome duplication）和单基因复制（single-gene dup...
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(bed、gff、vcf......)不同基因组之间的坐标转换基本思路都是从不同软件的结果通过手动操作转为minimap2的paf格式再转为chain文件，基于chain文件便能获得坐标转换paf文件格式解读:https://wap.s...
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HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...
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不断学习，不断忘记，不断回顾，不断进步，这便是凡人的学习方式,或谓曰：Attention is all you need,but learning is all your attention.
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3D百文--3D基因组中的TAD是否是跨物种保守的？没想到所谓的TAD跨物种保守的证据是如此不足的，感觉有点拍脑袋和人云亦云的意思 不过后面还有几篇新的几篇文章针对这篇文章提出的问题做了点工作 A TAD Skeptic: I...
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研究方向：基因组学、转录组学、遗传学<br>边做边分享，超不定期更新
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
