论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
IP属地：北京
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图 -
Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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预测motif的计算原理（extend motif）前言： 蛋白质中功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构，不同结构的domain与其他分子特异性结合从而发挥功能。与此类似，转录因子在于DNA序列结合时，其结合位点...
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转录因子富集分析转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO，KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录...
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生信分析12：如何鉴定重复基因在植物中，基因组的复制事件是频繁发生的，根据发生的范围大小可以分成全基因组复制（Whole-genome duplication）和单基因复制（single-gene dup...
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(bed、gff、vcf......)不同基因组之间的坐标转换基本思路都是从不同软件的结果通过手动操作转为minimap2的paf格式再转为chain文件，基于chain文件便能获得坐标转换paf文件格式解读:https://wap.s...
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HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...
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不断学习，不断忘记，不断回顾，不断进步，这便是凡人的学习方式,或谓曰：Attention is all you need,but learning is all your attention.
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3D百文--3D基因组中的TAD是否是跨物种保守的？没想到所谓的TAD跨物种保守的证据是如此不足的，感觉有点拍脑袋和人云亦云的意思 不过后面还有几篇新的几篇文章针对这篇文章提出的问题做了点工作 A TAD Skeptic: I...
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研究方向：基因组学、转录组学、遗传学<br>边做边分享，超不定期更新
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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TEsorter：TE的分类和可视化来源于：https://github.com/zhangrengang/TEsorter[https://github.com/zhangrengang/TEsorter]T...
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生信分析26：对LTR-RTs构建进化树本次推送是文献分享26的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享26：优质牧草羊草的基因组演化与育种[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mz...
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取两个VCF的差集
参考：https://www.biostars.org/p/113509/#113509[https://www.biostars.org/p/113509/#113509]...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
