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单细胞数据的导入与质控 - Seurat
###################################### 题目：单细胞数据的导入与质控 - Seurat 语言：R Author: YQ#########...
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Linux及相关生信技能笔记
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转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具
对于转录组分析，差异基因筛选完成后，就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了，富集分析我们之前出过一期R语言版本的： clust...
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收集各种单细胞测序数据分析方法
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funkyheatmap |临床+组学+分组数据可视化“神器”，时髦的热图
|本文首发于“生信补给站”公众号，https://mp.weixin.qq.com/s/04FA3O4QVwg9CNtHBWbUYw[https://mp.weixin.qq...
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学习笔记harmony原理：Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。 这是一种将细胞投射到共享嵌入中的算法，其中细胞按细胞类型而不是特定于数据集的条...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析第五节：基因差异表达分析 在本节教程中，我们将介绍基因差异表达分析的相关知识。在单细胞数据分析中，差异表达分析可以具有多种功能，例如鉴定细胞群的标记基因，以及跨条件（健康与对...
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盲人摸象--single cell sequencing的Seurat学习--详细版只有下水才会学会游泳，今天我想下水了。首先本人对单细胞测序数据的处理一无所知，但看过一些单细胞测序的文章，有一些R语言基础和跑过一些RNA-seq上游分析的经验，流程是跑过但...
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详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
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04.单细胞亚群注释
根据前述教程，我们已经完成了Seurat对象的构建-质控-降维-聚类。最终得到了细胞的分群如下： 那么接下来我们就要对得到的分群进行细胞类型的注释。 细胞类型的注释是根据每个...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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PCA(principal component analysis,主成分分析)1. 简介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。首先利用线性变换，...
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PCA——主成分分析原理1、主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 是一种统计方法[https://baike.baidu.com/item/%E7%BB%...
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10xGenomics单细胞转录seurat包提取表达量画小提琴图10xGenomics单细胞转录seurat包提取表达量画小提琴图 需求提取表达画小提琴图对噪音处理 需求 其实seurat包已经有画小提琴图的函数，VlnPlot，参数也较...
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波屯搬砖ing
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数据处理，分析与展现，R语言编程，Python, 图表制作，基于数据的决策与执行,算法。Life is short, use Linux.
