@yutang12 可以的 可以自己决定
WGCNA（6）：筛选 hub gene通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
发简信
IP属地：江苏
-
-
@不会三分_f882 命令写错了
9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
-
@Sam_3cbd 标准更严格一些
11.GWAS：确定候选区间
确定了与表型显著的SNP位点后，通常会选择在显著性位点所在位置前后，各一定的距离内，确定候选区间，进行候选基因挖掘，而这个距离如何确定？9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...
-
转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
-
@请我吃辣条吧 如果是二倍体，那这个位点不是父本就是母本，可以判断偏好行
ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
-
@对方正在长头发_0478 你的意思是区间估计吗？lodint(out.hk, chr=5, drop=1.5) 这个设置的是1.5倍LOD区间，bayesint(out.hk, chr=5, prob=0.95)这是0.95贝叶斯区间
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
-
@对方正在长头发_0478 看报错是数据格式的问题，第二行第一列哪里应该是空着的，报错是这个意思，Rqtl有自带的示例文件，你可以看一下
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
-
@kuangthantine 最严格的应该是0.01或者0.05，但是由于物种限制，过于严格的p值无法筛选到snp，因此放松到1
9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿图绘制
在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...
-
@不熟_4411 按报错是pmap文件中的p值有错误，建议检查一下
9.3 GWAS：关联分析——EMMAX
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...
-
@DumplingLucky 详细可以看这篇文章：https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1250860.html
9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
-
@DumplingLucky marker-rsq和MarkerR2是一样的，代表贡献率；beta和allele effect是一样，是SNP回归系数
9.2 GWAS：关联分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件，还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估，功能非常强大，要说缺点，可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍，这...
-
@麦客天道酬勤 这个模型是不是考虑的因素太复杂，常见的可能会忽略一些小的互作，mod = lmer(Brix ~ Line + (1|Loc) + (1|Year) +
(1|Line:Loc) + (1|Line:Year) , data=dat)，不过具体问题具体分析，要看你的设计3.2 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复）
GWAS中使用均值、BLUP值还是BLUE值，邓飞老师有两篇帖子进行了介绍，链接如下，根据我的数据，我选择了BLUE值。在这里提醒大家，不要一上来就忽略所有warning，很...
-
@麦客天道酬勤 通常是把品种作为固定因子的
3.2 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复）
GWAS中使用均值、BLUP值还是BLUE值，邓飞老师有两篇帖子进行了介绍，链接如下，根据我的数据，我选择了BLUE值。在这里提醒大家，不要一上来就忽略所有warning，很...
-
@麦客天道酬勤 https://cloud.tencent.com/developer/article/1445670 邓飞老师有写过教程，可参考
3.2 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复）
GWAS中使用均值、BLUP值还是BLUE值，邓飞老师有两篇帖子进行了介绍，链接如下，根据我的数据，我选择了BLUE值。在这里提醒大家，不要一上来就忽略所有warning，很...
-
@renthree 不客气呢，大家共同进步
1.QTL定位：Rqtl—— Single-QTL analysis
R/qtl是一个可扩展的、交互的、用于QTL定位的R包，集数据分析和绘图于一体。特点是使复杂的QTL定位方法被广泛使用，使用户专注于建模而不是计算。 官网：https://r...
-
使用metaCCA进行单/多个SNP与多表型的典型相关性分析
欢迎来到"bio生物信息"的世界 新年的第一篇更文。 祝大家新春快乐！身体健康！ 18号回家以后，经历了如下过程。 20号 喉咙痛 21号 喉咙痛 22号喉咙痛 咳嗽 23-...
-
QTL上位性分析：QTLNetwork2.0官网：http://ibi.zju.edu.cn/index.html/BCL/software/qtlnetwork/download.html[http://ibi.zj...
-
边界畸形拟合的话，建议重新构建模型
3.2 GWAS：最佳线性无偏估计量——BLUE值计算（多年单点有重复）
GWAS中使用均值、BLUP值还是BLUE值，邓飞老师有两篇帖子进行了介绍，链接如下，根据我的数据，我选择了BLUE值。在这里提醒大家，不要一上来就忽略所有warning，很...
-
@Just_Ford 没有呢 就是一个最普通的vcf文件
9.4 GWAS：显著性阈值确定——GEC
常用的显著性阈值确定方法是：Bonferroni correction = 显著性水平（0.01/0.05）/检验次数（number of detected markers）...
-
QTL定位：MapQTL6MapQTL是一款用于分析二倍体物种实验群体中数量性状位点(QTL)的Windows计算机程序，对于用户比较友好，更加便于使用。通过QTL分析，可以检测基因组上负责所研究数量...