你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...
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三种空间组学数据类型的读取 -
STOmics-seq：Stereopy教程（一）一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...
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TCGA数据下载和整理的三种方法TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...
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R语言实践一之下载GEO数据
目标一：下载GEO数据，以GSE42872为例方法一：通过加装GEOquery包，使用getGEO函数可以得到对应GEO好的表达矩阵，注释信息，样本信息等。 此步骤Run后下...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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SCENIC/pySCENIC分析补充+小鼠数据示例2022-12-14
适用背景 之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[https://www.jianshu.com/p/71...
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四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...
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如何使折线图的线条纵享丝滑？昨天在做一个简单的频率分布直方图时，想在上方增添一个折线图，但是发现简单的geom_line()所添加的曲线有点生硬，在想有没有使其平滑的方法，于是google一番发现还是很...
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CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
