Bolin

你是否为各种各样的空间转录组数据类型而眼花缭乱？你是否想要复现文章中的分析而倒在了数据读入？你是否希望学习空间转录组数据分析却又无从下手？今天，我们就和大家一起来学习多种类型...

Bolin

一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...

Bolin

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...

Bolin

适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...

Bolin

适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...

Bolin

昨天在做一个简单的频率分布直方图时，想在上方增添一个折线图，但是发现简单的geom_line()所添加的曲线有点生硬，在想有没有使其平滑的方法，于是google一番发现还是很...

Bolin

前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...

Bolin

在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...

Bolin

思考题1：表观遗传学概念，分子机制，及表观遗传经典现象 一、概念： 在不改变DNA序列的前提下，所引起的可遗传的性状（基因表达）的变化。 二、分子机制： 1.DNA甲基化与去...

Bolin

背景：在linux系统上使用docker创建镜像，使用容器。 在日常的生信分析过程中，环境的配置往往比数据分析本身还令人头疼。conda的使用方便了R和python包的下载，...

Bolin

  最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...

Bolin

前段时间跟师兄聊天，聊到seurat包，他说学软件一定要知道这个软件开发的目的，它是要解决哪些主要问题，哪些是次要问题，次要问题其他R包同样解决，他开发的主线是什么。单细胞多...

Bolin

教程链接：https://satijalab.org/signac/articles/pbmc_vignette.html[https://satijalab.org/sig...