热图 题目：关键差异基因做热图。 目的****：对比qPCR与测序结果中基因的表达变化趋势是否吻合。 内容： 在RNA-SEQ差异表达的基因数据中筛选目的基因。 2．用原始c...
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RNA-SEQ（五）：热图 -
7 如何画一张美丽的热图？首先来了解一下什么是热图，印象中热图就长这个样子（图片来自好朋友的文章，问过，给我借用）。它可以表达什么信息呢？ 热图的用途一般有两个：以RNA-seq为例，热图...
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进化树美化软件figtree的使用老师虽然只让构建ML和贝叶斯进化树，没有要进一步美化进化树，自己先学着，为以后使用留个底。我使用的软件是figtree v1.4.4,具体使用步骤如下：第一步，导入树文件，可...
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了，相信跟着学习实践一定能够收获...
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2024-03-01 全基因组circos图到底怎么画---使用R包circlize。
circos可以说是基因组文章必备的主图了。现在也有好多教程，先分别探讨下个人喜好点。 circos的软件。看官网的图，是不是非常酷炫。但是真正用好，研究明白会很痛苦。因为他...
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十二. Circos基因组作图前言 最近进行基因组数据分析，绘制圈图，想做两个基因组的比较分析，通过查询文献，发现棉花基因组圈图在细节方面做的较好，主要就是染色体排布中间对称，这样共线性连线就不会出现交叉...
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R语言绘图包10--Circos图的绘制：circlize包R语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] R语言绘图包02--热...
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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2021-04-10叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq 上篇介绍了一个线粒体在线注释网站，MITOS，今天呢白鱼小编继续给大家推荐另一个在线注释网站，GeSeq。该网站即可用于注释线粒体，也可...
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加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)今天介绍基础概念 该流程图简要概述了加权基因共表达网络分析的主要步骤。图片来源于：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/ar...
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plink安装及基础用法plink是由哈佛大学开发的一个免费、开源的全基因组关联分析软件，功能非常强大。基础的文件格式转换、质量控制，到需要大量运算的群体分层分析、连锁不平衡计算、单体型构建等，都可...
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生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）
谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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phylosuite软件使用1.目的 使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。 2.使用 2.1导入数...
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多线程并行EasyCodeML - Branch-Site Model写在前面 节前，我临时收到钦佩已久的胡老师的微信语音，主要问及“EasyCodeML”这款软件能有批量运行。有关注Raindy（福建农林高芳銮老师）和生信札记的朋友应该知道。...
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适应性进化软件EasyCodeML使用1.软件下载 GitHub下载链接：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML[https://github.com/BioEasy/Easy...
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利用OGDRAW绘制叶绿体圈图＋Geneious长度的统计组装并注释完叶绿体基因组后，就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。 主要参考教程：叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程...
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线粒体基因注释以及环图生成2025-03-13应对缺失基因注释 部分类群的物种中会因为mitoz缺少参考注释基因而缺失。我们可以使用geneious进行相似度注释补救。 第一步 准备注释参考库 首先需要在NCBI下载可靠...
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细胞器基因注释软件简介（一）背景 二代测序技术（NGS）的快速发展促使各种有机体的高通量测序数据的累积，特别是细胞器基因组。因此，为了应对各种生物细胞器基因组的基因注释，需要用于功能基因注释的更优化的...
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基因组共线用Mauve文献信息标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements[http...