plink是由哈佛大学开发的一个免费、开源的全基因组关联分析软件，功能非常强大。基础的文件格式转换、质量控制，到需要大量运算的群体分层分析、连锁不平衡计算、单体型构建等，都可...
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plink安装及基础用法 -
生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）
谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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phylosuite软件使用1.目的 使用phylosuite软件完成叶绿体基因组CDS与全长系统发育的基因矩阵准备。本教程针对的是windows版本的phylosuite使用。 2.使用 2.1导入数...
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多线程并行EasyCodeML - Branch-Site Model写在前面 节前，我临时收到钦佩已久的胡老师的微信语音，主要问及“EasyCodeML”这款软件能有批量运行。有关注Raindy（福建农林高芳銮老师）和生信札记的朋友应该知道。...
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适应性进化软件EasyCodeML使用1.软件下载 GitHub下载链接：https://github.com/BioEasy/EasyCodeML[https://github.com/BioEasy/Easy...
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利用OGDRAW绘制叶绿体圈图＋Geneious长度的统计组装并注释完叶绿体基因组后，就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。 主要参考教程：叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程...
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线粒体基因注释以及环图生成2025-03-13应对缺失基因注释 部分类群的物种中会因为mitoz缺少参考注释基因而缺失。我们可以使用geneious进行相似度注释补救。 第一步 准备注释参考库 首先需要在NCBI下载可靠...
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细胞器基因注释软件简介（一）背景 二代测序技术（NGS）的快速发展促使各种有机体的高通量测序数据的累积，特别是细胞器基因组。因此，为了应对各种生物细胞器基因组的基因注释，需要用于功能基因注释的更优化的...
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基因组共线用Mauve文献信息标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements[http...
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【比较基因组】共线性分析（WGDI）如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化，那么，在基因组上就会存在一些共线性区域（即两个区域之间的基因是旁系同源基因，其基因的排布顺序基本一致）。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
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叶绿体注释工具CPGAVAS2今天分享一篇叶绿体注释工具CPGAVAS2的教程，该教程来自公众号“生信药丸”，原文教程链接：零基础教程 | CPGAVAS2 快速，准确的叶绿体注释工具（附保姆级教程）[h...
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七. 植物叶绿体基因组--组装，注释和比较作图（GetOrganelle，GeSeq，Chloroplot，IRscope）一. 简介 叶绿体是绿色植物，藻类和蓝细菌进行光合作用的场所，光合作用将水和二氧化碳转变为有机化合物并放出氧气。叶绿体所携带遗传物质DNA，以原核细胞的编码方式转录合成一些自...
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叶绿体基因组 四分体结构鉴定B站视频[https://www.bilibili.com/video/BV1xw411e775/] 序列获取 getorganelle和Spades等组装软件，得到的fas...
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diamond & blast：DNA蛋白序列比对
导读 用query基因、DNA序列、16S扩增子序列、蛋白序列比对基因注释、物种注释 、基因功能注释数据库。Blast准确性高，速度慢。Diamond速度更快，常用于二代测序...
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肠道罗斯拜瑞氏菌(Roseburia intestinalis)
1.Nature子刊：肠道罗斯拜瑞氏菌如何利用和降解膳食木聚糖 厚壁菌门中的肠道罗斯拜瑞氏菌（Roseburia intestinalis），是常见的产丁酸菌，是人体肠道内降...
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快速修剪-多序列比对结果-构建靠谱的进化树写在前面 年初在汕头婚宴上，我问一个朋友，现在在做什么工作。他回复了我： 但行好事，莫问前程。 现在看来，挺好。 构建进化树的基础是序列对齐，或者说多序列比对。做序列对齐的主...
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iTOL | 进化树在线制作美化工具一、基本操作 1. 使用界面 可以注册后使用，点击upload即可上传树文件 2. 基本操作 右侧controls负责对进化树进行修改： basic：主要负责修改树的造型、分...
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如何获得BirdTree的一致树（consensus tree）
以下只用到了R中的ape包 1. 从BirdTree下载大量树文件 有Hackett和Ericson两种backbone。文献中见到的更多的是Hackett。 一个文件是10...
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选择压力（dn/ds）计算dn/ds又叫ka/ks，具体的概念，意义百度上都有。现主要介绍最近用到的三种计算途径，分别是maga7，datamonkey，paml。 做选择压力分析的序列文件，需要先c...