跟着Cell学作图|12.韦恩图(Vennerable包) “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习生信的最好办法。” DOI: 10.1016/j.cell.2020.0...
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跟着Cell学作图|12.韦恩图(Vennerable包) -
clustree ： 聚类可视化利器我们知道在研究问题时，分组是很重要的，有分组才有故事可讲。比如，两块田一块施肥一块不施肥，可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类（clustering）...
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生信小白教程之Count转TPM，FPKM相信很多科研工作者（不包括比我厉害的大佬们）在做转录组时，都是在公司做测序，然后数据也交给公司分析，又然后，期待做个差异分析，得出像下图那么完美的热图。 然而，然而，，我们得...
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单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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真的有用 谢谢楼主
Django 实现分页功能
当页面因需要展示的数据条目过多，导致无法在一个页面全部显示。这时，页面经常会采用分页形式进行展示，然后每页显示 20 或者 50 等条数据。分页经常在网站上随处可见，它大概是...
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Django 实现分页功能当页面因需要展示的数据条目过多，导致无法在一个页面全部显示。这时，页面经常会采用分页形式进行展示，然后每页显示 20 或者 50 等条数据。分页经常在网站上随处可见，它大概是...
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Django实现分页和表格搜索功能前言：在百度上查找django分页功能非常之多，但可用的技术文档寥寥无几。分页虽说只是我们开发项目中一个很小的功能，但实现它是十分必要且必须的。因为实现分页功能，能使我们更加...
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单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID
之前写过一篇细胞类型注释的推文：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释[https://www.jianshu.com/p/1887dbd8d9e4]，里面介绍了...
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整理从TCGA下载的数据
如果从TCGA官网网页下载数据，或者使用gdc-client工具下载的数据，都是以单个的文件夹形式存储，并且文件夹中的为压缩文件，所以，下载数据后，第一步就是如何把这些文件复...
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关于inferCNV看到的最好的一篇文章，尤其是CNV score的定义，我的10x数据的CNV score也是都在1附近，
单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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你好作者！如果很明确是肝脏组织，还需要添加其他组织吗
「单细胞转录组系列」使用scCATCH进行聚类结果自动化注释
目前该软件只支持Mouse和Human，不支持其他物种，因此不是这两个物种的小伙伴可以不用看了。 scCATCH全称是single cell Cluster-based An...
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因为singlR是老版本，重新安装SingleR即可；参数sc_data等同于现在的test
单细胞辅助注释工具-SingleR
很多做单细胞的研究者都提出过这个问题，是否有直接的功能能对单细胞直接进行注释，而不是繁琐的参看文献，搜索marker，人为对单细胞进行注释。单细胞真的可以实现自动化注释吗？我...
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namespace ‘rlang’ 0.4.6 is being loaded, but >= 0.4.10 is required
断断续续学过点R的基本知识，这几天因为需要做富集分析，开始真正使用起来，发现真是举步维艰呀，每一个问题都没有现成答案，一点点查资料、揣摩，最后才能做出一张漂亮的富集图。感谢在...
