1. 首先查看KEGG数据库 PI3K-AKT signaling pathway gene set 详细说明查看如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural...
IP属地：黑龙江
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ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别 -
通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图
老大让复现的是一张韦恩图，来自3个数据集，分别找每个数据集的差异基因，然后取UP和DOWN的交集。原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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文献学习006--[sc]单细胞测序揭示COVID-19严重性与呼吸道上皮和免疫细胞的相互作用相关摘要：新冠患者SARS-CoV-2 entry受体ACE2的表达比正常高了3倍，并与免疫细胞的干扰素表达相关。和中度患者相比，重症患者显示出更强的上皮细胞免疫细胞互作，引起免...
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跟着Cell学单细胞转录组分析(十):Monocle2拟时分析演示之结果可视化（下）
上节完成了拟时分析，剩下的内容就比较简单了，只需要可视化。我们可视化一些一般文章中出现的图。用到的文件是上节分析得到的cds文件。图的主题可以结合ggplot2进行修饰。 先...
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单细胞数据挖掘实战：文献复现（五）细胞亚群并可视化单细胞数据挖掘实战：文献复现（一）批量读取数据[https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9]单细胞数据挖掘实战：文献复现（二）批量创建Seu...
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ggplot2绘制带有显著性分析的box plot
基本函数：sample_exp为不同年龄分组的表达矩阵 单细胞数据seurat_object：seurat_object_list为按照某个meta.data中的因素如cel...
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函数：导出富集在通路中的基因
从富集的结果中导出富集在通路中的基因 从GSEA富集的结果中导出富集在通路中的基因 从富集的结果中导出富集在所有GO中的基因 导出某个GO item中的所有差异基因 导出某个...
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单细胞分析揭示了C1q-high单核细胞对贝赫切特病的促炎作用贝赫切特病（Behcet’s disease，BD），又名白塞病，是一种慢性血管炎，通常表现为复发性口腔/生殖器溃疡和皮肤病变，以全身免疫异常为特征。然而，目前还缺乏对BD发...
