1. 首先查看KEGG数据库 PI3K-AKT signaling pathway gene set 详细说明查看如何拿到 KEGG数据库的 hsa04650 Natural...
IP属地：黑龙江
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ReactomeDB 和KEGG两个数据库的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 区别 -
通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图
老大让复现的是一张韦恩图，来自3个数据集，分别找每个数据集的差异基因，然后取UP和DOWN的交集。原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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文献学习006--[sc]单细胞测序揭示COVID-19严重性与呼吸道上皮和免疫细胞的相互作用相关摘要：新冠患者SARS-CoV-2 entry受体ACE2的表达比正常高了3倍，并与免疫细胞的干扰素表达相关。和中度患者相比，重症患者显示出更强的上皮细胞免疫细胞互作，引起免...
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跟着Cell学单细胞转录组分析(十):Monocle2拟时分析演示之结果可视化（下）
上节完成了拟时分析，剩下的内容就比较简单了，只需要可视化。我们可视化一些一般文章中出现的图。用到的文件是上节分析得到的cds文件。图的主题可以结合ggplot2进行修饰。 先...
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单细胞数据挖掘实战：文献复现（五）细胞亚群并可视化单细胞数据挖掘实战：文献复现（一）批量读取数据[https://www.jianshu.com/p/c9da06d451b9]单细胞数据挖掘实战：文献复现（二）批量创建Seu...
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ggplot2绘制带有显著性分析的box plot
基本函数：sample_exp为不同年龄分组的表达矩阵 单细胞数据seurat_object：seurat_object_list为按照某个meta.data中的因素如cel...
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函数：导出富集在通路中的基因
从富集的结果中导出富集在通路中的基因 从GSEA富集的结果中导出富集在通路中的基因 从富集的结果中导出富集在所有GO中的基因 导出某个GO item中的所有差异基因 导出某个...
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单细胞分析揭示了C1q-high单核细胞对贝赫切特病的促炎作用贝赫切特病（Behcet’s disease，BD），又名白塞病，是一种慢性血管炎，通常表现为复发性口腔/生殖器溃疡和皮肤病变，以全身免疫异常为特征。然而，目前还缺乏对BD发...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析第五节：基因差异表达分析 在本节教程中，我们将介绍基因差异表达分析的相关知识。在单细胞数据分析中，差异表达分析可以具有多种功能，例如鉴定细胞群的标记基因，以及跨条件（健康与对...
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10X单细胞空间联合分析揭示病毒性心肌炎的发病机制好了，这一篇我们继续分享单细胞空间联合分析的文章，大业未完成，我们仍需要努力，参考文章在Spatiotemporal transcriptomics reveals path...
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怎么样才算是完整的单细胞分析？为什么别人能轻轻松松6分+？
Single‐cell transcriptomics reveal the intratumoral landscape of infiltrated T‐cell sub...
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基因集富集分析(GSEA)及其可视化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表...
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【单细胞转录组 实战】十一、复现文章分析结果这里是佳奥！ 我们进入到作者的GitHub下载一下代码来看看吧。 1 作者原始代码 当然，由于package的版本日新月异，除非安装相同版本的package，我就不运行了，作...
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手把手教你做单细胞测序数据分析（七）—— 基因集富集分析
往期回顾B站中只有视频课程，代码部分整理在往期推送之中： 手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA...
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单细胞密度散点图的绘制单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
