首先,vst也是基于负二项分布的一种标准化方法 我们为什么在大样本数据中需要采用vst的标准化方法呢?这是因为: 1.It is a one-size-fits-all so...
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在单细胞转录组解析肥厚性心肌病发病机制[https://www.jianshu.com/p/f270b9431427]里面看到计算某基因与其它基因的相关性 方法里写的是这样做...
写的太好了,佩服。
ReactomeGSA:高效的单细胞通路分析工具前情提要: SPATA:基因集驱动的空间转录组分析框架[https://www.jianshu.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...
前情提要: SPATA:基因集驱动的空间转录组分析框架[https://www.jianshu.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...
1. 简介 SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计...
博主厉害,碰到的报错我也都碰到过,都准备放弃了,幸好看到博主的文章。多谢
从Scanpy的Anndata对象提取信息并转成Seurat对象(适用于空间组且涉及h5文件读写)2022-06-14关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
关键字 Anndata对象转成Seurat对象 h5文件读写 空间组格式转换 已补充快速使用的函数整理版本[https://www.jianshu.com/p/48a6886...
例如我们需要将一下数据的第二列从and处拆分为两列: attr type1 1 foo_and_bar2 30 foo_and_bar_23 ...
IRanges用于解决序列在基因组上的位置问题,GRanges在IRanges的基础上增加了染色体和DNA链的信息。在GRanges内部可以使用IRanges构建序列位置信息...