搬砖养猪者 - 简书

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二代与第三代数据的可变剪切分析软件——lr2rmats
lr2rmats lr2rmats 基于Snakemake[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable...

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R: ggtree
导读 ggtree由R语言大神Y叔纸笔，于2018年发表在Molecular Biology and Evolution杂志上，现引用已达407...

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circRNA鉴定工具之circRNA_finder
circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址...

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circRNA鉴定工具之find_circ
1. find_circ鉴定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根据Bowtie2比对结果，从没有比对到参...

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circRNA鉴定工具之CIRCexplorer2
环状RNA的识别包含了序列比对和环状RNA预测两步，该软件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有较大变化。在v1版本中只支持tophat-f...

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circRNA鉴定工具之CIRIquant
在RNA-seq中针对circRNA的鉴定与定量的综合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 与其他同类算法相比，其在鉴定circ...

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circRNA鉴定工具之CIRI与CIRI2
在最初的环状RNA研究中，认为环状RNA都是由exon通过反向剪切构成的,称之为exonic circRNA，只有这样的环状RNA能够由PCR反...

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差异表达基因分析软件：EBSeq
EBSeq TPR relatively independent of sample size and presence of outliers...

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circRNA差异分析工具: DEBKS
独特的环状结构让二代测序较短的读长限制了对其鉴定以及定量，目前仅仅依靠其反向剪切序列；另外，环状RNA的表达总是与来源基因（host gene）...

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