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二代与第三代数据的可变剪切分析软件——lr2rmatslr2rmats lr2rmats 基于Snakemake[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/]进行分析，可利用三代和二代...
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流程没问题的，可能是你python版本使用问题，或者没有安装numpy
circRNA鉴定工具之find_circ
1. find_circ鉴定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根据Bowtie2比对结果，从没有比对到参考序列的 reads 的两端各...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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maSigpro建模代码分析之make.design.matrix前言 之前我们介绍了maSigpro的基本建模方式：分析时间序列的RNA-seq tool[https://www.jianshu.com/p/ad76dcfdf840]，这...
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circRNA鉴定工具之circRNA_finder
circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址如下 https://gith...
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circRNA鉴定工具之find_circ1. find_circ鉴定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根据Bowtie2比对结果，从没有比对到参考序列的 reads 的两端各...
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circRNA鉴定工具之CIRCexplorer2环状RNA的识别包含了序列比对和环状RNA预测两步，该软件目前更新到了v2版本，相比v1版本，用法有较大变化。在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR两款软件进...
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circRNA鉴定工具之CIRIquant在RNA-seq中针对circRNA的鉴定与定量的综合性分析方法——CIRIquant CIRIquant 与其他同类算法相比，其在鉴定circRNA的过程中降低了假阳性率。...
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circRNA鉴定工具之CIRI与CIRI2在最初的环状RNA研究中，认为环状RNA都是由exon通过反向剪切构成的,称之为exonic circRNA，只有这样的环状RNA能够由PCR反应验证出来的。 CIRI是一款...
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差异表达基因分析软件：EBSeq
EBSeq TPR relatively independent of sample size and presence of outliers. Poor FDR cont...
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circRNA差异分析工具: DEBKS独特的环状结构让二代测序较短的读长限制了对其鉴定以及定量，目前仅仅依靠其反向剪切序列；另外，环状RNA的表达总是与来源基因（host gene）线性RNA的表达纠缠不清，让我...
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构建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler进行富集分析时，发现目前只支持19个物种，如果要对这些物种之外的物种进行富集分析则需要自己构建orgDb物种包。 1.首先安装eggnog-m...
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eggnog-mapper功能注释资料来源应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程[https://www.jianshu.com/p/e646c0fa6443] 1. eggnog-mapper介...
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circlize(R package) ：circRNA与其靶miRNA的可视化circRNA可以作为sponge吸附大量的miRNA，从而调控下游基因的表达。对circRNA-miRNA结合的可视化我们可以通过 circlize[https://jok...
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facet_wrap()与facet_grid()facet_grid()形成由行和列面化变量定义的面板矩阵。当有两个离散变量，并且这些变量的所有组合存在于数据中时，它是最有用的。如果只有一个具有多个级别的变量，请尝试fac...
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R语言数据处理包dplyr、tidyr笔记
dplyr包是Hadley Wickham的新作，主要用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度，并且提供了与其它数据库的接口；tid...
