写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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VCFtools的使用(参数说明)
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在：https://github.com...
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ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记YanTao 绘制带有误差棒的条形图 绘制带有显著性标记的条形图 绘制两条形图中间带有星号的统计图 为图形添加标题 图形标题有图标题、坐标轴标题、图例标题等 上次有人问坐标轴...
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不同参考基因组之间坐标的转换
litover只能提供一些热门基因组的转换，而西农开发的RGD只有一小部分基因组，不过非常棒的是他们提供了maf文件，这是手动创建chain文件中最耗时间和资源的一步。本文主...
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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专注WGBS Chipseq等数据分析<br>perl python R脚本编辑处理数据
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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SIFT构建本地数据库与注释0.写在前面 SIFT本身内置了许多常见物种的评分数据库，在尝试构建自己的库之前，先在官网找找有没有自己需要的。但是有些库上次更新时间有点吓人。SIFT的下载界面太难找了，官...
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AGAT-Another Gtf/Gff Analysis Toolkit
0.写在前面 研究这个软件，主要是想利用它创建只有CDS区域的注释文件以解决snpEff注释软件的局限性，希望能做到吧。其具体的，多样的功能见：https://github....
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Haploview软件进行连锁不平衡（LD）分析0.写在前面 LD分析可以帮助识别基因组中的LD区块，即一段连续的位点之间存在很强的LD的区域，这些区块可能包含重要的功能元件或者遗传变异。在linux下有两种使用模式，区别...
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Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
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使用ADZE计算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.写在前面 软件官网：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https://web.stanford....
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Popgene微卫星使用笔记1. 输入文件准备 1. 从GeneMaker阅读汇总微卫星的位点信息 2. 转换为ABCD...基因型 按照固定的规则转换基因型，各个位点的ABCD...独立 3. 加表头...
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Fst两种奇妙的用法
1.global Fst 筛选出来的Fst值较大的区域，意味着在这些群体间的分布不均匀，对于研究单个群体没什么用这方法只能给出整个群体中受选择的位点，但不能提示受选择的具体品...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这篇文章又被锁定了 1.文件处理...
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跟着Nature Genetics学画图~ggplot2画折线图并在指定区域添加灰色背景最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
