起因:最近有个问题样本,跑完cellranger,样本的cellranger结果如下,细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中,线粒体基因占比和双细胞率均很高,用scDb...
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起因:最近有个问题样本,跑完cellranger,样本的cellranger结果如下,细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中,线粒体基因占比和双细胞率均很高,用scDb...
https://github.com/plger/scDblFinder[https://github.com/plger/scDblFinder] require(zell...
scdbfinder 支持seurat V5吗。v5新增加了格式变化
单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除(DoubletFinder, scDblFinder)双细胞是指由于实验原因,在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞,而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode,从而会被认为是一个细胞的伪...
10x平台的双细胞率(符合泊松分布1): 根据Poisson分布,单个液滴包含超过一个细胞(doublets或multiplets)的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
双细胞是指由于实验原因,在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞,而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode,从而会被认为是一个细胞的伪...