曼哈顿图的名字来源是因为其形如曼哈顿的天际线：高耸在较低高度的“建筑物”上方的摩天大楼的轮廓。主要用于GWAS结果的展示，今天让我们来看看如何绘制曼哈顿图。 什么是曼哈顿图 ...
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R数据可视化12:曼哈顿图 -
使用CMplot包绘制环形曼哈度图安装并加载所需R包 基本用法 常用参数 加载并查看示例数据 基本数据格式： 前三列分别为SNP的名称，所在染色体，SNP的位置，后面每列为不同性状的P值，每个性状单独一列 默...
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你这不是一个snp对全表型吧？怎么曼哈顿图横轴是染色体呢？不应该是表型吗？
PheWAS(全表型组关联分析)----PheWAS实战(三)
介绍完PheWAS与GWAS的概念及其对比以及PheWAS的R包后，相信大家对对PheWAS原理以及相关R包有了初步认知。下面我以我做的一个项目的数据为例跑PheWAS。 1...
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2020-05-01 多基因风险评分PRS分析参考学习资料： https://mp.weixin.qq.com/s/ou9MfogMJJV00S6lZpNGqQ 多基因风险评分PRS分析 目前的主流的 GWAS 分析使用...
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@lz_d74b 测序得到的呀，或者是公共数据下载得到的
plink各种格式转换及简单命令
PLINK软件输入文件的常见格式类型： 1，一般格式：PED/MAP2，转置格式：TPED/TFAM3，二进制格式：BED/BIM/FAM几种格式之间可以相互转换。推荐使用B...
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GWAS 总体流程理解版
自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操 一. 相关概念理解 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择...
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基因型数据与1000G merge后做PCA看人群分布
写在前面，对于生信新手来说，不熟悉代码的基础，总是空中楼阁一般，想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难，踩过的坑总要填，为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
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mediation analysis（中介分析）二之前整理过一篇中介分析https://www.jianshu.com/p/a8912fcf5910的笔记，那只是初步理论，等到真正做时会出现各种情况，这个不显著啦，那个显著，...
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1.4-双生子数据中结构方程模型的应用
来源网站：http://dbtemp.blogspot.com/2011/08/sem-approach-to-twin-data.html 这个简单模型中最重要的假设是：双...
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全基因组关联分析（GWAS）的计算原理前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
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请问allele行如何选择哪列是effect allele，哪列是non-effect?默认gwas中第一列和第二列吗？就是minor和major？
一行命令学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说，如果数据存在群体分层，却不加以控制，那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时，...
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VCF格式的学习及对VCF文件的统计
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的学习 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好...
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matlab简单命令
matlab -nodesktop -nosplash -r matlabfilelinux下启动非界面版matlab程序并运行matlabfile.mat文件； load(...
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人类基因组的Phasing原理是什么？
人类基因组的Phasing原理是什么？什么是Phasing？ Phasing，或者说Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、单倍体分型、单倍体...
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变异信息那些事（上）刘小泽写于18.12.31再次知识迭代：打算以上中下三篇来认识一个新事物上篇：主要了解VCF的背景知识；一般我们会从WES的上游得到SNP、InDel等信息，这些重要的信息都...
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GCTA计算亲缘关系矩阵（两种不同方法）亲缘关系矩阵 亲缘关系矩阵被广泛用于全基因组关联分析（GWAS）和全基因组选择（GS）中，当然主要是混合线性模型。在GWAS中亲缘关系矩阵主要用于校正遗传背景，因为G...
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全基因组关联分析（GWAS）-群体结构与亲缘关系1、群体结构及其对 GWAS 的影响 群体结构的来源image.png群体结构对GWAS的影响--混淆变量Ancestry可以导致混淆变量（confounding varia...
