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2021-08-04 mRNA displaymRNA display，即mRNA展示技术，又称为mRNA-蛋白质融合体展示技术，是一种体外筛选多肽和蛋白质的技术，可用于生物分子配体的鉴定和相互作用分析。 其基本...
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Linux中conda安装R出现 package ‘utils’ in options("defaultPackages") was not found？
问题 Linux环境下，使用conda成功安装了R4。但提示‘utils’和‘stats’包未找到，如下： 此时安装R包或运行其他命令都直接报错，如： 解决一 没去分析原因，...
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2019-08-28第七天：关于SCENIC的使用教程
文章来源：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering github 一、软件安装 安装教程...
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rosalind题目答案（自用参考版）
rosalind是一个生信学习网站（网址为[http://rosalind.info/problems/list-view/])，上面有许多生物信息相关的题目，用python...
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从TCGA下载的甲基化数据处理上一篇已经写了从TCGA下载的甲基化数据的格式。那么我想要知道某一个基因的甲基化情况要怎么办呢？1、对下载数据放入一个文件夹这一步在RNA数据的时候写过，用下面的脚本。 2、...
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02—甲基化芯片的一般分析流程什么是甲基化芯片？一文了解 MethylationEPIC 850K 甲基化芯片 简而言之，是基于亚硫酸盐处理后的DNA序列杂交的信号探测。亚硫酸盐是甲基化探测的：金标准“，...
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TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
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如何获取450k甲基化芯片的注释信息前面小编给大家介绍过 ☞ 如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq....
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TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。 参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.Mak...
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使用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...
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R-如何在图表左侧的pheatmap中显示行名？问题 我正在使用R中的pheatmap包制作热图。默认情况下，行名显示在热图的右侧。有谁知道如何将它们移到左侧？ 其他一些软件包似乎对此具有功能，例如row_names_si...
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添加p-value和显著性标记：ggsignif和ggpubr在数据分析过程中，常常需要把组间的显著性添加到图形中，但是在ggplot2中实现起来略显麻烦，幸运的是，有很多R包可以帮助我们实现这一操作，比如ggsignif和ggpubr...
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ggplot2绘制有显著性标注的箱线图1.箱线图 盒子内反映了半数的数据分布，因此盒子的高度反映了这些数据的波动状态，盒子越扁表示数据分布比较集中； 伸出去的胡须的上下边缘一般代表了数据的最大值和最小值(也可以设...
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免疫基因组指标的计算（6个）1.Mutation load 肿瘤突变负荷 2.新抗原负荷（Neoantigen load） 配对样本的全外的.bam数据，第一步通过POLYSOLVER tool工具对每...
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MutSigCV进行突变负荷分析寻找Driver Gene
本文的安装方法是有Matlab授权，运行MutSig源代码的方法。 如果没有Matlab授权，可以 http://www.mathworks.com/products/com...
