二代测序分析Crisp的软件列表 检测工具工具的特点工具的论文期刊年份Hi-TOM2[http://hi-tom.net/#/mutation/mutation_detect...
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现有的检测Crisp编辑结果的软件清单
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cas-offinder预测Crisp-cas9编辑脱靶位点
使用cas-offinder V2.4.1来预测脱靶位点 直接从cas-offinder github[https://github.com/snugel/cas-offin...
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Crisp-cas9基因编辑基础知识汇总
Crisp编辑的原理 Crisp基因敲除： 非同源末端连接方式（NHEJ）对断裂的DNA进行修复，修复过程中通常会发生碱基插入或缺失的错配现象，造成移码突变Crisp基因敲入...
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单细胞测序和亚细胞空间转录组学的概念
特性维度单细胞测序 (scRNA-seq)亚细胞空间转录组学(Subcellular Spatial Transcriptomics, SST)核心信息细胞类型的识别 和 单...
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重测序数据的单倍型分析方法
根据测序数据的类型和样本的群体可以分为如下的类型： 方法分析软件优点缺点适用场景统计Phasing(SHAPEIT4, Eagle2)无需额外实验成本；利用群体信息，对稀疏基...
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染色体的不同单倍型组装和群体单倍型分析意义
染色体的不同单倍型组装（即对个体中父源和母源两套染色体组分别进行精准组装）是基因组学研究的重要突破，其意义体现在多个领域，从基础遗传机制解析到临床应用均有深远影响。以下从具体...
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使用阿里云命令行ossutil下载数据
使用windows客户端的时候需要注意ossutil的版本，1.X版本和2.X版本的不通用。公司提供给我的是1.X的版本的，我使用2.X的根本进不去，换成1.83就可以进去。...
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这是自定义的脚本，付费获取。send emal to me.
物种分化时间估计工具beast2
目前最新版是beast2.7.6本文主要参考资料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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二代群体遗传与重测序（中）二.变异结果注释与统计 书接上回https://www.jianshu.com/p/ab6a35502786[https://www.jianshu.com/p/ab6a35...
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地质时期的分类和中英文对照地质时期按照早到晚的顺序分为 ：宙（Eon）、代（Era）、纪（Period）和世（Epoch） 起始时间（百万年前MYA）终止时间(百万年前MYA)宙（Eon）代（Era）...
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物种分化时间估计工具beast2目前最新版是beast2.7.6本文主要参考资料如下：https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
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如何使用conda安装不同版本的GCC
因为环境需要多个不同版本的gcc,去编译不同版本的C++文件。所以此处使用conda来控制不同的版本。 1.查看有哪些版本的GCC可以使用 搜索目前conda有哪些版本的gc...
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这是你对应物种的注释信息。即物种的基因组的编码基因的注释文件里的GO和KEGG注释。
基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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@Cuticular 物种太多，物种之间遗传进化距离太远，没有单拷贝基因很正常。
Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树
实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验流程：orthofinder2获取单拷贝基因——muscle...
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使用机器学习进行植物基因型到表型预测（综述讲解）讲解分析 frontiers |使用机器学习进行植物基因型到表型预测 (frontiersin.org)[https://www.frontiersin.org/journa...
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perl编译失败 Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' version (5.16.3)
编译perl的脚本的时候，如果遇到类似于Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' ...
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Linux服务器显卡的安装和软件配置步骤首先选择你的服务器主板支持的显卡类型，比如4090或A100.然后拆机，对应卡槽安装显卡，注意考虑供电功率是否够。4090的单个功率为450W.然后安装显卡驱动。进入[英伟达...
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第3列就是进化的时间。使用手动计算注意使用正确的u。cat genome.fa.pass.list.gff3|awk '$3=="repeat_region"{split($9,a,";");print $1","a[3]","a[5]}'|sed 's/Classification\=LTR\///g;s/ltr_identity\=//g'|awk -F ',' '{print $1","$2","(1-$3)/((7e-9)*2)}' >LTRtime.csv 我这里使用的u是7e-9,你需要使用对应物种的u.这个是拟南芥的u.
LTR-RTs的鉴定,LAI值的计算
LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载自https://www.ji...
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近缘物种基因组之间基因id转换
例如有Zeamays B73 V3的vcf想 转为V4版本的vcf,就可以使用liftover进行。 如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想转为Zemays Mo1...
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使用ldsc计算多个性状的遗传相关性和遗传力
ldsc github[https://github.com/bulik/ldsc] 1. 安装ldsc 2. 开始计算遗传力 需要提前准备好GWAS的结果文件summary...