端木十七岁

写在前面：今天学习了Rcis Target这个包，每一次在学习一个包之前，苦恼和痛苦是不知道这个R包用来do for what？why to do？今天看了https://w...

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pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...

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单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...

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一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...

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适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...

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NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...

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作者，追风少年i 周四了，很不错，温度26℃，天气多云，非常适合躺平的一天，难得的休息时光，你们好好努力，我负责躺平，大家各得其所， 单细胞空间的分析技术无疑是目前科服最火热...

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文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...

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作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...

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参考资料：参考生物技能树[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官网Tutorial[https...

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从我写的RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释中提取出来这部分，方便以后修改补充 参...

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作者，Evil Genius 哎呀， Xenium和HD的空间项目进来了，又要有很多新的工作要做了。 很多分析呢，大家如果只是自己玩一玩，那随便做做就也可以了，但如果像我一样...

端木十七岁

随着单细胞数据的不断积累和转化，拿一个组织画个图谱的草莽时代已经基本一去不复返了。往深了做的一个方面就是做某个细胞类型的图谱。特别是对那些异质性较高的细胞类型。 例如，我们熟...

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1.前言 目的：调整由于技术，如处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。这实际上是一种数据缩放的方法。一般在一个表达矩阵中，会涉及到多个样本，其表达量差异比较大，不能直接进...

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http://www.nxn.se/valent/2017/11/16/droplet-scrna-seq-is-not-zero-inflated 随着scRNA-seq（...

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放在最前面的链接：My opinionated selection of books/urls for bioinformatics/data science curricu...