当进行完比对后，有时想要在IGV里面直观的查看比对的结果，这时候就需要在IGV里面加载BAM文件。同参考序列一样，BAM文件在IGV里面进行加载前需要创建索引。可以通过两种方...
发简信
IP属地：江苏
-
给BAM文件建立索引：用于可视化
-
samtools sort & index
整理高通量测序中使用的软件。 比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理，例如在IGV查看比对结果时，常需要输入的bam文件...
-
比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
-
RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjunc软件一样同属subread包...
-
转录组对基因表达量进行计数(Htseq、featureCounts）对基因进行定量，首先需要计算出比对到各个基因的read counts，得到没有校正的表达矩阵。在基因层面的count计数的工具：Htseq-count，feature-cou...
-
RNA-seq分析流程大比较HISAT2+StringTie+Ballgown Tophat2+cufflinks+cuffdiff HISAT2+featureCounts+DESeq2 Tophat...
-
inferCNV安装心路历程
infercnv 包的安装依赖于rjags，rjags包依赖于JAGS库文件，因此，首先需要安装JAGS。 windows 安装 1、下载应用程序 JAGS-4.3.0.ex...
-
SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
-
单细胞测序分析之scater包学习笔记这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...
-
【单细胞】轨迹分析-slingshot轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
-
多细胞去除之三，R包DoubletDecon
hi，铁子们，继续我们多细胞去除的第三块内容，前面讲了R包doubleFinder去除多细胞，python模块去除多细胞，这次我们来介绍第三个去除多细胞的方法，R包Doubl...
-
单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程作者：ahworld链接：单细胞数据质控-双细胞预测-scrublet使用教程来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在分析scRNA...
-
单细胞分析之细胞交互-4：NicheNet常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
-
单细胞分析之细胞交互-2：iTALK常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
-
单细胞数据分析笔记2-1: 细胞通讯分析（iTALK & celltalker）TME 已成为肿瘤进展、免疫逃避和抗肿瘤治疗耐药机制出现的关键调节剂。TME 包括多种细胞类型，例如肿瘤细胞、异质免疫细胞和非免疫基质成分。肿瘤细胞与这些非肿瘤成分动态地协调...
-
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
-
Seurat之细胞周期评分1. 细胞周期背景介绍 细胞周期(cell cycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复...
-
单细胞: 将meta.data plot 到UMAP图上的几种方法这里准备了一个文件，是要将这个文件中的信息plot到umap图上，文件有3列 今天的目标就是: 将第一列barcode plot到umap上 将第二列clonotype id...
-
最新5.7分SCI，基于单细胞识别特征基因进行模型构建的经典思路。实验仅做了免疫组化！期刊：Frontiers in Immunology 影响因子：5.7 本文的思路是通过单细胞数据分析识别了某种免疫细胞特有的marker基因，然后利用这些基因进行预后模型的...
-
最新7分非肿瘤纯生信，极简易复现！发表杂志名称（英文名）: Computers in Biology and Medicine 影响因子: 7 主要作者及单位: K.P. Suresh, ICAR-Natio...
