作者，Evil Genius hello，大家好，国庆后的第二天，我们继续盘点，关于空间转录组已经盘点了三篇文章，放在下面，供大家参考和相互交流。 10X空间转录组重点分析合...
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10X单细胞空间通讯分析之最新版cellphoneDB（v4）解读作者，Evil Genius 前不久刚给学员上了一节关于细胞通讯的课程，也发现了很多软件的更新之处，在这里给大家分享一下cellphoneDB v4.0最新更新的内容。 考虑...
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离线使用 CIBERSORTx 的方法CIBERSORTx 是一种强大的工具，用于从混合组织样本中推断细胞类型组成。目前，CIBERSORTx 主要通过其在线平台提供服务，但也提供了离线使用的选项，主要通过 Do...
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全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （3）-- pbmm2一. 长读段比对 (Long-Read Mapping)常用的比对软件 长读段比对算法与一代/二代测序数据的比对算法有很大的不同，因为长读段通常更长、包含更多错误和变异，并且...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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sequins--人工合成DNA测序内参控制方法1 用处 Sequins（sequencing spike-ins）是一种人工合成DNA标准品，它可以混入到目标DNA样品中，在基因组测序和分析过程中充当内参。用检验NGS文...
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正确使用GIAB基准变异集合评估生信流程准确性前面我们介绍了GIAB中的标准数据集，包括了7个标准品的数据，分别是HG001（即NA12878），一个德系犹太人家系（HG002/HG003/HG004）和一个中国汉族人家...
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全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （1）我也认为长读长测序是 RNA 测序的未来！随着价格的降低和碱基质量的提升，传统的二代RNA-seq会被逐渐取代。 很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“...
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decoupleR：丰富你的通路富集分析结果
**Article name: **decoupleR: ensemble of computational methods to infer biological acti...
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生物信息学流程: DNA-Seq Analysis
Introduction 介绍 GDC DNA-Seq分析管道识别全外显子组测序（WXS）和全基因组测序（WGS）数据中的体细胞变异。 通过比较正常和肿瘤样品比对中的等位基因...
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MDSC相关marker检测
1.MDSC的主要表型和功能特征 粒细胞或多形核细胞（PMN-MDSC），它们在表型和形态上均与嗜中性粒细胞相似；单核细胞（M-MDSC）–在表型和形态上与单核细胞相似。早期...
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小提琴图之ggplot_split_violin()及gghalves包参考 代码来源Split Violin Plot for ggplot2 · GitHub[https://gist.github.com/Karel-Kroeze/7466...
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DoRothEA：scRNAseq转录因子活性预测工具在看文献Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 rev...
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Rcis Target：基因集找其调控因子和motif写在前面：今天学习了Rcis Target这个包，每一次在学习一个包之前，苦恼和痛苦是不知道这个R包用来do for what？why to do？今天看了https://w...
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pyscenic | 单细胞转录因子分析，原理图文详解pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
