IP属地：北京
-
正确使用GIAB基准变异集合评估生信流程准确性前面我们介绍了GIAB中的标准数据集，包括了7个标准品的数据，分别是HG001（即NA12878），一个德系犹太人家系（HG002/HG003/...
-
修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作热图使用conda安装hicexplorer时经常会报错，下面介绍mamba安装方法；同时，hicPlotMatrix绘制的热图没有添加染色体边界，...
-
Linux查看或设置R/python/perl包、模块或库的安装路径
为了方便说明，下面统一将包、模块或库称之为模块。Linux通常涉及多用户使用，当我们没有root权限时，模块通常会安装在自己的目录下，或者一个用...
-
ggplot2定制坐标轴
本文主要介绍如何通过调整ggplot2中的参数，来实现坐标轴的定制化，来达到个性化绘图的需求。文中axis tick marks指的是坐标轴线上...
-
recos软件绘制不同类型TE在染色体的分布热图1、前期准备 第一步, 获取repeat注释结果，使用RepeatMasker对基因组进行repeat分析，可以得到以out结尾的文件，命令行如...
-
recos软件使用手册1. 开发背景 随着测序技术的不断发展，尤其是三代测序技术的出现，例如PacBio和Nanopore，它们可以产出更长、更准确的测序数据，这使得...
-
recos软件绘制突变密度在染色体上的分布图1. recos还可以这么玩 recos开发之初是为了展现同源染色体之间的共线性关系、序列结构差异和两个基因的各自特性，绘制出一个高质量可以放在...
-
MAS-seq技术原理（PacBio)1. 技术产生背景 PacBio构建这种文库的一个主要原因是，在其测序芯片中有很多零模波导孔（ZMW），每个孔在测序时只能测一条DNA分子，这样...
-
recos基因组及共线性可视化简介 这篇简文主要介绍一下recos软件的安装，以及该软件可以绘制什么样的基因组共线性图。与circos类似，它可以将基因组之间的共线性和基因组...