标题：Recognizing the reagent microbiome 发表期刊：Nature Microbiology 发表时间：2018/08 关键点：讨论了low-...
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文献阅读（7）：Recognizing the reagent microbiome -
文献阅读（6）：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct associatio...标题：Enrichment of oral-derived bacteria in inflamed colorectal tumors and distinct assoc...
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文献阅读（4）：The natural product chlorotonil A preserves colonization resistance and prevents relapsin...发表时间：2023/5/10 发表期刊：Cell Host & MicrobeGraphical Abstract 要点 Chlorotonil A (ChA)对艰难拟梭菌（...
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文献阅读（3）：Waste Not, Want Not: Why Rarefying Microbiome Data Is Inadmissible发表时间：2014/4/3-发表期刊：Plos Computational Biology 背景： 微生物分析数据矫正常用方法：相对丰度（百分比）或者所有样本抽样至相同总re...
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文献阅读（2）:De novo identification of microbial contaminants in low microbial biomass microbiomes wit...标题：De novo identification of microbial contaminants in low microbial biomass microbiome...
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文献阅读（1）：Simple statistical identification and removal of contaminant sequences in marker-gene and...标题：Simple statistical identification and removal of contaminant sequences in marker-gen...
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unable to find an inherited method for function ‘dotplot’ for signature ‘"data.frame"’进行GO和KEGG富集后，想使用dotplot进行可视化，代码如下： 报错 原因在于富集后的对象为enrichResult，而在函数中，我将输出对象转换为了data.fram...
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Error in array(col.rgb[, i], dim(node.rgb)[3:1]) : negative length vectors are not allowed使用pathview时遇到一个error，初始代码如下： 部分pathway可以正常生成，如ko00970 但是部分pathway无法生成，报错，如 仔细对比发现，这两幅图的...
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二项分布、泊松分布，正态分布
二项分布：二项分布是n个独立的成功/失败试验中成功的次数的离散概率分布，其中每次试验的成功概率为p。事件结果为成功或者失败。泊松分布：泊松分布是单参数曲线族，它对随机事件的发...
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总结卡方检验（Chi-square test）和费舍尔精确检验（Fisher exact test）
细节可参考：https://www.plob.org/article/9194.html[https://www.plob.org/article/9194.html]htt...
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Kranken2: rsync_from_ncbi.pl: unexpected FTP path (new server?)
使用conda安装Kranken2，下载数据库 报错信息 原因：ftp地址已改为http 解决办法：修改脚本文件'rsync_from_ncbi.pl'，储存于$(conda...
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扩增子分析：qiime2平台全流程分析Amplicon sequencing analysis pipeline through qiime2 platform qiime2是扩增子数据分析的最佳平台之一，其提供...
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R坑四：无法打开文件'/var/db/timezone/zoneinfo/+VERSION': No such file or directory
R版本刚升级到"4.0.3"，安装R包crayon，报错 试了无数遍，其他软件安装时也出现类似情况，最后解决方法为 核心是安装时用的source不是binary，换成bina...
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@Tracy知天命 默认的话如果是那样的话应该就是了
BWA和Bowtie2默认参数比对结果
一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下BWA Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为15.2%~52.4%，除去未比对...
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@ucassee multiQC
BWA和Bowtie2默认参数比对结果
一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下BWA Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为15.2%~52.4%，除去未比对...
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48个实用的生信在线工具
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。 基因结构绘制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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如何从SILVA数据库下载16S序列网址：https://www.arb-silva.de/search/以E.coli为例，进行查询 共有24913条records，全部进行下载 选择FASTA序列，无gap...
