介绍 snakemake 原理 建议的框架 Install 用conda在python3环境里安装。 之后，如果python3可以正常用。（which python3）可以被...
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流程管理工具Snakemake用法总结
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生信流程搭建之snakemake--模块化
模块化之level 1---简单封装 Snakemake包装器存储库是可重复使用包装器的集合，可用于快速使用Snakemake规则和工作流中的流行工具 在这里，Snakema...
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使用NCBI全新BLAST核心核苷酸数据库（core_nt），获得更快、更精准的搜索结果自2024年8月起，core_nt将成为默认选项 如果您对更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索结果感兴趣，正如先前公告的那样，NCBI一直在重新评估BLAST核苷酸数据...
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[non-silent somatic mutation]non-silent somatic mutation非沉默突变包含哪些类型的突变？
先前在文章“Correlation of Somatic Mutation and Expression Identifies Genes Important in Huma...
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【生信知识】---CNV识别软件评测专题（三）
前言：CNV识别软件评测专题（一）指路👉www.jianshu.com/p/ca856b55e6bf。CNV识别软件评测专题（二）指路👉www.jianshu.com/p/c...
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高分文献解析｜CNV很少的血液瘤中如何识别肿瘤细胞？文献信息 【文章标题】Elucidating minimal residual disease of paediatric B-cell acute lymphoblasti...
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基因组高通量数据模拟软件本文主要基于2016年发表在『Nature Review Genetics』杂志上综述文章『A comparison of tools for the simulation ...
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VarBen：NGS变异数据模拟软件VarBen（Variant Benchmark） 2021年3月3号，来自 国家卫生健康委临床检验中心、中国科学院计算技术研究所等单位的研究人员开发了肿瘤突变数据模拟软件V...
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centos7下CNVnator 安装和使用
CNVnator服务器：centos7 CNVnator 安装过程GitHub - abyzovlab/CNVnator: a tool for CNV discovery ...
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详解Bowtie2的比对Summary
Bowtie的中文意思是：领结，蝴蝶结 Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本，主要改进了支持gap比对。 Bowtie2用户手册： http://bowtie-bi...
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软件6 —— sambamba和picard
一、 基本介绍 (1) 关于PCR重复的问题 RNA-seq一般不去重复（起始量高，扩增数少；某些RNA表达量很高，导致该基因的reads的比对很可能出现一致的情况） Ch...
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用 python 实现 R 的 prcomp() 的结果上文[https://www.jianshu.com/p/15a5c06eb766]中曾提到，Python 的 StandardScaler() 对数据进行标准化时用的是有偏...
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记2025年蛇年春节
腊月二十九凌晨两点到家，妈妈包的饺子很好吃。 成了家的姐姐和弟弟给奶奶包了红包，我也而立之年了，也封了。 去了姨妈家，送了从北京和全聚德平门店背回来的烤鸭，给亲戚家的小辈发了...
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R 的 prcomp()写在前面：与 PCA 有关的一些名词解释，参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/414190170[https://zhuanlan.zhihu.c...
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R 的 prcomp() 和 Python 的 PCA() 的区别
1. 数据标准化 R 的 prcomp()：a. 默认对数据进行中心化(减去均值)b. 可以通过 scale=TRUE 参数对数据进行标准化(除以标准差) Python 的 ...
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关于网页被劫持的问题
今天在电脑上打开 sklearn 的英文网站时，提示网页不安全，虽然觉得不合理，但还是点击了信任，不料跳转到了SQ页面，而且再也回不去了。不仅 skearn 如此，打开 R ...
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机器学习数据预处理中用零进行空值填充的合理性
写在前面：我是一个机器学习的初学者，在做项目的过程中遇到了一些问题，解决了一些问题，获得了一些感悟。在此处做记录并分享，只是为了多一些和大家交流的机会。如有错漏，请不吝赐教。...
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是的，谢谢。但我记得好像是当时我没有 root 权限，只能这样搞了一下。仍然感谢。
Linux安装R包ggalt遇见的proj4报错
遇到报错不要着急用字眼百度答案，报错中给的提示是最重要的。 在百度中折腾好几个小时，还因为用conda安装proj4，把本来好好的环境变量变得面目全非，source ~/...
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用conda下载安装gatk3.8并注册
现在gatk已经更新到gatk4了，但是gatk3.8还是有很多应用的场景，比如指定多线程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行浅）所以记录一下之前如何安装和注册...
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R可视化之ComplexHeatmap【四】：热图小方格个性化修饰、提取亚集及热图信息特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 热图系列我们已经有： R可视化之ComplexHeatmap【一】...
