在生信分析中常常需要对各类ID进行转换，常见的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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【生信实用工具】通过GTF进行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互换
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locus_tag 转gene symbol gene id
1. 做植物的组学数据经常遇到的情况是不同的基因组，不同的公司，给到的结果偶尔会不太一样，比如这次我就碰到了老师提供的是locus tag，但是跟tfplantdb的转录因子...
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成质量报告（multiqc 提高查看效率...
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Gephi安装（Java安装）Gephi是一款常用的网络图可视化软件，运行需要依赖Java环境。 Gephi安装 软件下载地址：https://gephi.org/users/download/ 下载以后...
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Gephi 官方手册：一款关系可视化网络图工具的简明教程Gephi 和网络图 今天要分享的一款网络图工具：Gephi。 你可能没听过 Gephi，但说起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在这两款的数...
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使用MapMan分析水稻基因功能
MapMan是老牌的植物基因功能分析工具，早期是针对基因芯片数据设计，现在可以用于各种模式植物或非模式植物基因集的功能分析，并且该软件一直保持着更新。 完成MapMan分析，...
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植物学中常用的数据库 | 汇总一前言 今天自己看了一下收藏夹，搜索“数据库”，结果出来很多以前收藏的数据库的文章，那么自己也进行总结一下吧。对于做植物的我们，应该平时是会一直使用到的。 声明：本教程内容来自...
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2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。最经典的两种形式，一是用不同颜色直观展示pathway中的...
