原网址：https://cloud.tencent.com/developer/article/1626413 对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列...
IP属地：河南
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seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型 -
一套比较简便的基因组组装流程V2.0
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术，新方法出来了，有更好的的方法...
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Nanopore测序笔记
原理：基于不同建立经过纳米孔时，电流信号的差异典型应用： 读长比较长，利于拼接 解决动植物多倍体高重复、高杂合的特性 也适用于细菌拼接 对RNA直接测序，无需反转录，直接识别...
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2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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【Jellyfish和KMC，我应该选谁？】
比较软件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用数据：大肠杆菌基因组 但是histo文件似乎有一些不一样。 1、jellyfish的Kmer频数统计 2、...
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git挂了，华为不支持谷歌懒得弄
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基因组共线性分析绘图
主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件（fasta）用于比对使用mummer4.0进行比对操作，mummer的配置参见ht...
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ntSynt 鉴定基因组共线性区块，并可视化然后得到 ntSynt.k24.w1000.synteny_blocks.tsv 使用 NGenomeSyn -InConf fig -OutPut 画“共线性图”
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推荐 | VCF2PCACluster快速实现超大规模SNP的PCA分析
推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，...
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张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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「基因组」着丝粒和端粒鉴定软件
最近状态不佳，连续两件事情做的时候只想到了一半，做了又等于没做，都成了自己预想的最差的结果，要想做到最佳，只有重做，现在浪费时间结果不合适等于白做。一心多用，今天白搞一下午，...
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基因组组装之Verkko，实现T2T级别组装（可与hifiasm一较高下）Verkko是一个用于实现端粒到端粒（telomere to telomere, T2T）基因组组装的新工具。 Rautiainen, M., Nurk, S., Walen...
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cuteSV鉴定SV
一款用于鉴定三代长reads（HiFi, ONT, CLR）的软件。经作者检验，其准确度高于pbsv, svim, sniffles。 安装 简单使用 当然，对于不同类型的l...
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De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后续测三代数据的时候，确定大概需...
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山一大在读博，立足当下、热爱生活、终身学习。
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Minimap2（2.20）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
