在生信分析中常常需要对各类ID进行转换，常见的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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【生信实用工具】通过GTF进行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互换
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locus_tag 转gene symbol gene id
1. 做植物的组学数据经常遇到的情况是不同的基因组，不同的公司，给到的结果偶尔会不太一样，比如这次我就碰到了老师提供的是locus tag，但是跟tfplantdb的转录因子...
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成质量报告（multiqc 提高查看效率...
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研究方向：基因组学、转录组学、遗传学<br>边做边分享，超不定期更新
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生信、AI、大数据、育种。MiyuanBiotech
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Gephi安装（Java安装）Gephi是一款常用的网络图可视化软件，运行需要依赖Java环境。 Gephi安装 软件下载地址：https://gephi.org/users/download/ 下载以后...
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Gephi 官方手册：一款关系可视化网络图工具的简明教程Gephi 和网络图 今天要分享的一款网络图工具：Gephi。 你可能没听过 Gephi，但说起百度的 Echarts和阿里的 Antv Data，一定不陌生。 在这两款的数...
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使用MapMan分析水稻基因功能
MapMan是老牌的植物基因功能分析工具，早期是针对基因芯片数据设计，现在可以用于各种模式植物或非模式植物基因集的功能分析，并且该软件一直保持着更新。 完成MapMan分析，...
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植物学中常用的数据库 | 汇总一前言 今天自己看了一下收藏夹，搜索“数据库”，结果出来很多以前收藏的数据库的文章，那么自己也进行总结一下吧。对于做植物的我们，应该平时是会一直使用到的。 声明：本教程内容来自...
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2022-06-03如何快速分析植物激素通路相关基因很多植物转录组学文章中，都有整合激素相关基因和表达数据的pathway图，直观地展示通路及其中重要基因的位置和功能。最经典的两种形式，一是用不同颜色直观展示pathway中的...
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植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman 关键词： 植物 代谢通路 基因表达 Mapman 你可以对基因进行功能注释，分析其功能分类以及相关的通路信息，你也能分析...
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shell脚本统计reads数量和碱基数量
1.github下载命令 git clone 【网页】 2.安装miniconda wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ana...
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Assemblytics鉴定基因组间SVAssemblytics， 发表在Bioinformaticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27318204[http://www.n...
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PP2PG(Phasing pipeline based on two parental genomes)这个软件好像都没有什么人用哎~但是我今天用上了，为什么会用上呢，还不是在KB的组装那个三倍体的基因组，为了区分测序回来的那么那么多的reads都是属于谁家的！！！！对于这个软...
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DupGen_finder安装及使用
串联复制(Tandem duplication) ：串联复制主要发生在染色体重组区域，串联复制形成的基因家族成员通常紧密排列在同一条染色体上，形成一个序列相似、功能相近的基因...
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利用NextDenovo进行三代组装（四个组装软件结果比较）一：下载安装 需要注意的是这个软件运行需要Python2的环境哦。然后安装好了记得加环境。这次用的是大肠杆菌的一个pacbio数据做的测试。 二：配置文件 1. 配置run....
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久没有发简书了，去学习新技术新知识去了，实在是没有时间！！现在有点时间，记录分享一下新知识~这段时间也是被这个eQTL搞得很头疼，现在终于弄出来，记录记录！ Matrix ...
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hifiasm（高质量组装PicBio HiFi数据，同样也是可以组装T2T级别）hifiasm 如果你基因组是简单的二倍体，不复杂，不是高重复或者高杂合，测序数据还是PicBio HiFi数据，选择hifiasm进行组装是个不错的选择，对于处理PicBi...
