文章标题：MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive d...
IP属地：河南
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mmseq2序列聚类
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上游分析学习笔记
RNA-seq数据分析 我们对工具和技术的评估落脚点在它们鉴定出的差异基因的准确性。为了完成这个评估，至少需要四个不同的分析阶段（图2;表2）。第一阶段把测序平台生成的原始测...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源，是指不同物种之间的基因，起源于共同的祖先，基因功能可能一样，但又因为进化的关系，使得功能有...
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宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新Logs 增加R包pctax内的一些帮助上游分析的小脚本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚类的速度非常快，且随序列量线性增长（2024.03.12...
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Metagenomic workflow 宏基因组分析流程更新 查看新版：宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jiansh...
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瑞源生物是一家专注于生物技术研发、技术咨询、技术服务的高新技术企业，拥有专业的科研团队和先进的实验室。<br><br> 核心业务包括蛋白与蛋白互作、蛋白与核酸互作、蛋白与化合物互作、化合物与化合物互作、非生物胁迫、蛋白表达平台、抗体发现平台、数字生信分析平台、动植物检测等技术的开发与应用。<br><br> 我们不断在生物医药、农业生物技术、环保生物技术等领域进行深入研究，力求为各个行业提供高效、安全的生物科技解决方案。<br><br> 瑞源生物始终秉承以客户为中心、以质量为保证，以诚信为基础，以创新为动力的服务理念，致力于为客户提供高效、安全、创新的生物技术解决方案。
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文献分享26：优质牧草羊草的基因组演化与育种文献 2023 PNAS Genome evolution and initial breeding of the Triticeae grass Leymus chinen...
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基因家族鉴定与分析关于基因家族鉴定及表达分析步骤，包括数据的获取，软件的使用，步骤流程。需要批量的重复步骤可使用脚本来完成。 1.1 此页面下载 hmm文件 1.2 blastp 比对鉴定...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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Centos安装Singularity记录
环境依赖 golang安装 Singularity安装 直接在默认路径上编译会报错，显示Go没有找到，可是明明能运行go： 删除整个singularity目录，重新解压安装（...
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从“Horticulture Research”中学基因家族分析
2023.4.14 本文记录从Genome-wide analysis of cytochrome P450 genes in Citrus clementina and c...
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【生信实用工具】通过GTF进行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互换
在生信分析中常常需要对各类ID进行转换，常见的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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locus_tag 转gene symbol gene id
1. 做植物的组学数据经常遇到的情况是不同的基因组，不同的公司，给到的结果偶尔会不太一样，比如这次我就碰到了老师提供的是locus tag，但是跟tfplantdb的转录因子...
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RNA-seq数据的上游处理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
欢迎批评指正 一、上游处理流程 上游处理步骤包括质量检测、质量控制、比对、定量[2]，每一步处理数据的目的都是不同，也有相关的软件与之对应。通过质量检测，原始数据的各种问题将...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成质量报告（multiqc 提高查看效率...
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研究方向：基因组学、转录组学、遗传学<br>边做边分享，超不定期更新
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生信、AI、大数据、育种。MiyuanBiotech
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Gephi安装（Java安装）Gephi是一款常用的网络图可视化软件，运行需要依赖Java环境。 Gephi安装 软件下载地址：https://gephi.org/users/download/ 下载以后...
