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从零开始的基因组分析自学（七）-基因组质量评估
#quality assessment (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=MzkyNjMzNTgx...
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blobtools鉴定转录组污染来源方法参考De Novo Transcriptome Assembly and Analysis of the Flat Oyster Pathogenic Protozoa ...
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snpEFF的使用
0.关于snpEff，建议大家去官网[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者。逝者已去，深切缅怀。同时看下官方文档[ht...
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De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
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利用snpEff对基因型VCF文件进行变异注释的详细方法利用snpEff对VCF文件进行变异注释 群体遗传研究中，在获得SNP位点后,我们需要对SNP位点进行注释，对这些SNP位点进行更深的了解。 snpEff是一个用于对基因组单...
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小麦BSRseq一 ：hisat2流程 HISAT2安装及使用[https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52527205] hisat2...
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文献解读：两条件时间序列转录组的基因共表达网络文献 2019 PNAS Comparative transcriptomics method to infer gene coexpression networks and...
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seq2HLA:利用RNA_seq数据进行HLA分型原网址：https://cloud.tencent.com/developer/article/1626413 对于不同的HLA Allel来说，exon2和exon3 序列...
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一套比较简便的基因组组装流程V2.0
之前写过 一套比较简便的基因组组装流程[https://www.jianshu.com/p/a736b1b4b188]，时间快2年了，现在新技术，新方法出来了，有更好的的方法...
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Nanopore测序笔记
原理：基于不同建立经过纳米孔时，电流信号的差异典型应用： 读长比较长，利于拼接 解决动植物多倍体高重复、高杂合的特性 也适用于细菌拼接 对RNA直接测序，无需反转录，直接识别...
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2021-评估不同软件组合检测ONT数据中germline SV的表现
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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基因组结构注释软件列表
基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（tra...
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【Jellyfish和KMC，我应该选谁？】
比较软件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用数据：大肠杆菌基因组 但是histo文件似乎有一些不一样。 1、jellyfish的Kmer频数统计 2、...
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git挂了，华为不支持谷歌懒得弄
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基因组共线性分析绘图
主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件（fasta）用于比对使用mummer4.0进行比对操作，mummer的配置参见ht...
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ntSynt 鉴定基因组共线性区块，并可视化然后得到 ntSynt.k24.w1000.synteny_blocks.tsv 使用 NGenomeSyn -InConf fig -OutPut 画“共线性图”
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推荐 | VCF2PCACluster快速实现超大规模SNP的PCA分析
推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，...
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张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
