Hifiasm Parameter Reference 概要 仅使用 HiFi reads进行组装 三重组分分选（先用yak） Hi-C集成组件 获取选项的详细说明 常规选项...
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Hifiasm参数的详细解释
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
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用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性（全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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基因组survey背景 基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序...
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解读基因组Survey的k-mer分析曲线我的博客主页https://wordpress.com/home/yuntaobioinformatics.wordpress.com[https://wordpress.c...
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nanopore的一些常见工具
软件名功能官方网址biocondabioconda商店http://bioconda.github.io/[http://bioconda.github.io/]sratoo...
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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
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文献速递 | Pacbio全长转录组在农学植物研究中的应用Pacbio全长转录组测序可以检测到完整的全长转录本信息，避免了拼接带来的错配，以及能检测到更丰富的转录本亚型类型；同时PacBio转录组测序和Illumina二代测序结合使...
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山东第一医科大学， 青年教师一枚，三代测序技术爱好者。
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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant[https://www.nature.com/articles/s41587-022-...
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生信步骤|EffectorP批量预测病原物效应子EffectorP软件利用机器学习原理，通过事先收集已知的效应子制备训练集，从而实现病原真菌和卵菌的效应子预测[1]。 EffectorP发展史[2]：1.0版本最初在16年...
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入门流程 | 三代测序基因组从[ 组装 ]到[ 评估 ]- Pacbio、Flye、Quast写在前面 最近，带一个师妹了解并做了简单的基因组组装工作，感觉其上手速度还可以。慢慢地有初窥生物信息学数据分析门径的样式，于是....还是鼓励她整理整理流程，分享分享（其实....
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dbCAN：CAZyme序列和注释数据库
文献信息： 标题：dbCAN-seq: a database of carbohydrate-active enzyme (CAZyme) sequence and anno...
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比较转录组分析工具：TO-GCN
https://www.pnas.org/content/116/8/3091#sec-1[https://www.pnas.org/content/116/8/3091#s...
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知识分享| 转录组个性化分析(1)——时序分析近年来，随着测序成本的不断降低，转录组测序已经成为解析基因组的功能成分、揭示细胞和组织的分子成分以及理解发育和疾病必不可少的技术手段，已广泛应用于基础研究、临床诊断等领...
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转录组测序数据分析的基础和进阶
转录组测序数据的基础分析通常包括以下几个主要步骤： 质量控制（Quality Control）：对原始测序数据进行质量评估，检查测序质量指标如序列长度分布、测序错误率等，确保...
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使用ImpluseDE2处理转录组时间序列数据
ImpulseDE2 是一个处理时序数据的R包，用于查找时序数据的差异基因，它可以用来解决两类问题。 Case-only differential expression an...
