发简信
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多少个线程是1min
Sambamba 去除重复工具
写在前面 为什么会用这个工具呢因为我听说很快，并且被 samtools markdup 和 picard 伤到了。用 samtools markdup的时候提醒我要先 fix...
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原文横坐标是t value
发散条形图/柱形偏差图
该图来源于文章：Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment | Nature ...
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他的注释文件是什么
GenomicAlignments: 用R处理+操作BAM文件
愿天堂没有头痛 短序列比对的呈现和操纵 Lawrence M, Huber W, Pagès H, Aboyoun P, Carlson M, Gentleman R, Mo...
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可以下载基因表达矩阵吗
cBioportal中文教程
使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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请问差异甲基化是谁比谁啊
TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）
参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
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差异甲基化位点是myDMP$Tumor_to_Normal，但是根据deltaBeta值好像是Tumor_AVG-Normal_AVG，而且deltaBeta和logFC的值是相反的
TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）
参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
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champ.filter有过滤NA和是否进行impute的选项，champ.filter前可以不用进行impute
TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理
之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。 参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.Mak...
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p值大于0.01的beta值被认为低于最小强度，阈值显示为“NA”，就是说NA也是有他自己的生物学意义的，immpute之后，NA变成数字，生物学意义就改变了，具体是应该怎么处理beta矩阵中的NA
TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理
之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。 参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.Mak...
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beta是matrix，不是数据框
TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理
之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。 参考文章：1.甲基化的一些基础知识2.Mak...
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而且TPM为什么又转化为log(TPM+1)呢
ssGSEA算法原理及应用TCGA数据
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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请问在RunHarmony后如何决定RunUMAP中的维度的，也就是RunUMAP(pbmc, reduction="harmony", dim=?)
单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程
目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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请问salmon可以对比对到silva数据rRNA（细菌、真核、古菌）的bam文件进行定量吗
Salmon 进行转录本定量
Salmon 是转录本定量软件，使用转录本定量主要优点一是更准确，比如不同样本同一基因使用不同 isoform 此时基因长度并不相等，直接基因定量无法顾及；二是方便进行可变剪...
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RNA编辑：相关数据库和分析软件REDItools数据库： 1.DARNED：https://darned.ucc.ie/包含大约42000个人类基因组坐标的信息。 2.RADAR：http://rnaedit.com/包含...
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请问这个文件rmsk.gtf.gz是基因组注释文件吗？
RNA编辑：相关数据库和分析软件REDItools
数据库： 1.DARNED：https://darned.ucc.ie/包含大约42000个人类基因组坐标的信息。 2.RADAR：http://rnaedit.com/包含...
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REDItools2只有RNA-seq数据，只产生RNA editing table可以吗？无对应的DNA-seq数据，就无法产生RNA editing table annotaed with DNA-seq data
Reditools-RNA-editing
最近在做RNA-editing，纵观文献综述，相关软件很多，但是属reditools独领风骚。不过还是想吐槽一下这个软件，软件是好软件，就是文档写的也太不认真了吧。。 今天先...
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能不能出一期安装RNAEditor的教程
子宫内膜癌的RNA editing数据分析
参考文献 [PMID: 27694136]DRETools - F1000Research 数据下载 使用本实验室一个RNA-seq（GSE56087）和一个circRNA-...
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请问如何下载gatk3-register
用conda下载安装gatk3.8并注册
现在gatk已经更新到gatk4了，但是gatk3.8还是有很多应用的场景，比如指定多线程，并且有些功能在gatk4里找不到（也可能是我道行浅）所以记录一下之前如何安装和注册...
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2022-05-30 RNAEditor安装
RNAEditor属于环境配置较为复杂的软件，用conda创建独立的运行环境：conda create -n RNAEditor python=2.7。接下来的安装参考官方网...
