① 分开跑后发现是gg1 + gg2出问题存成pdf即可解决 ② 这个就比较明显，netAnalysis_computeCentrality一下就行，需要两个cellchat...
发简信
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跑cellchat遇到的bug
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ATAC-seq生信分析综述翻译(Genome Biology)这是目前为止我看到过的关于ATAC-seq的最新综述，感兴趣的话值得一读。2020.4.22更新：我看到一个公众号也翻译了这篇文章，而且正好跟我这篇翻译是在同一天发表http...
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Error in H5Fcreate(file): HDF5. File accessibility. Unable to open file.Calls: addGeneIntegration...
addGeneIntegrationMatrix()时出现的问题，疑惑之前能跑的脚本为何一直报错，尝试了百度和gitnub上的解决方法，例如addArchRThreads(t...
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反括号}在最后一行，大括号里的function body就是自定义函数的功能，他这里面包括sig_gene获取、矩阵获取、矩阵平滑处理和画热图，当然这些步骤也是可以分开跑的，你也可以选择不写成function
使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31
适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今它已经出到了第三个版本mono...
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monocle3非交互式选择分支宇宙免责声明：乱写的，引用部分侵删 官网的Subset cells by branch步骤cds_sub <- choose_graph_segments(cds)是交互式的...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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Error in getGeneAnnotation() : getGeneAnnotation : ArchRPRoj is NULL and there is no genome set...
创建ArchRProject时，如果已经createGenomeAnnotation和createGeneAnnotation了还是报错ArchRPRoj is NULL a...
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A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain发表期刊和时间：Science，13 October 2023Lab：Bing Ren， 实验室正在研究正常和癌症细胞的基因调节机制，与路德维希研究所和加州大学合作密切。摘要...
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Monocle3：拟时序分析写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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Seurat数据结构学习.1Seurat对象中的Assay: ######################################################################...
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酷狗音乐[kugou music]通过Crash流量转发绕开公司上网策略组白名单由于公司网络IT屏蔽了酷狗音乐，本文介绍如何通过Crash的软件绕开公司策略组白名单，使用酷狗音乐客户端的流量转发功能继续愉快听歌。 电脑连接公司的网络，在公司上网策略组白名...
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R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例热图（Heatmap）作为展示基因表达模式最直观的工具。它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray, RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量...
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R语言-稀疏矩阵对象格式学习-重点理解稀疏矩阵对象的重构稀疏矩阵几乎产生于所有的大型科学工程计算领域，记录样本特征值的稠密矩阵中很多记录值都是0，由于0不携带信息，因此耗费空间存储0元素是很浪费资源的行为。而且很多计算只对非零元素...
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Linux 转换 find 命令的返回结果为 shell array
在shell脚本中，find命令用于搜索给定目录下符合搜索条件的的文件或子目录，如命令var=$(find "$PWD" -name "*.tsv")表示搜索当前目录下的所有...
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单细胞/空间组利用scanpy实现Seurat的splitby分页绘图在使用Seurat时，经常需要对不同分类的样本在同一画布上进行可视化，可以非常方便地通过其DimPlot()函数的goupyby和spliby等参数实现，例如对照组和实验组，...
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将R环境下的Seurat RDS格式数据转化成为到python环境下scanpy的anndata格式
无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
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R加载包SeuratData出现invalid multibyte string, element 1报错
在加载包SeuratData是遇到了以下报错： 重装还是不解决问题，之前使用也没有出现过报错。 检测.libPaths()路径也是没有问题的，所以有可能为内码冲突问题 在操作...
