写在前面 Kallisto 是一款 “Alignmnet-Free” 的转录组表达量估计的工具。其提出了一种 “pseudoalignment ” 的概念，实则基于 Kme...
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指北 | Kallisto 使用手册 - 普通笔记本上分析转录组
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点点点，KEGG Pathway 通路富集分析写在前面 前段时间，推过两个教程，分别是：1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》 ...
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零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...写在前面 早前已经推过《新手eggNOG-Mapper详细教程》，但仍然有很多人遇到使用问题。换句话，可能那个教程不能彻底解决大伙遇到的问题。于是我决定写一个完美的教程，彻底...
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可视化！Circos 图绘制，更简单更灵活更方便~写在前面 为什么 TBtools 用起来舒服，相比于不少其他软件，同质非同质的？我想了很久，可能原因之一，即“开发者即用户本身”，简单来说，“我写的软件是就是给自己用的”，而...
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教你画一个掰弯的热图（Heatmap），展示更多的基因表达量难道，这不像孔雀开屏吗？ 写在前面 组学数据已经泛滥，但是信息的挖掘仍任重道远。顺手的工具，可以节省使用者尽可能多的时间，或者将看起来很复杂，很难以完成的事情，变得非常简单。...
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【生信课程】05-蛋白质的结构-山东大学-生物信息学蛋白质的结构 蛋白质的结构 蛋白质的结构可分为四级 一级结构也就是氨基酸序列， 二级结构是周期性的结构构象，比如α螺旋β折叠等。 三级结构是整条多肽链的三维空间结构。 四级结...
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你想干啥？让「TBtools」猜一猜写在前面 今天是学校放假的第一天，原本我应该是在回家带娃的路上，但之前订票时没考虑到原来寒假已经到了，于是定的是周五晚上的票。Emmm，最近或者出差，或者赶赶项目，或者写写论...
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一键！构建最大似然树~ 简单又准确写在前面 很多人都知道“建树”，NJ树，最大似然树 - ML，贝叶斯法建树~ 建树的目的常常有两个： 分类 推断演化顺序 其他 - 如分析基因家族扩张收缩等 很多人都会用 m...
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转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释作业要求 在UCSC下载hg19参考基因组，群主博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，例如TP53，EGFR等等。截...
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分子进化树构建及数据分析方法介绍转自：https://www.plob.org/article/994.html 方法的选择 首先是方法的选择。 基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolu...
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【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（一）第一部分 —— 关于计算生物学 & 生物信息学 & 本课程内容 （1）Protein Wave 【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列（牛）【算法】Needleman-Wu...
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【哈佛大学：计算生物学 & 生物信息学】学习记录（五）为什么没有（四）？（四）主要说的就是SAM格式，网上一搜就有，就没必要了（五）就草草地记录了Chapter 4.1: RNA-Seq Applications - Chapt...
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TAIR拟南芥数据库使用指南
1、TAIR，The Arabidopsis Information Resource, TAIR 图片来源：https://baike.baidu.com/item/TAI...
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生信小白如何在半年收到核心期刊录用证明顺利毕业！！！（基因家族成员的确定）一篇生信家族的文章比较重要的一步是家族成员的确定，所有基本分析和进化分析都是基于此。 前面推文提到本人的参考物种是模式植物拟南芥，因此我首先下载了很多关于拟南芥的综述类和研究...
