Human cell atlas, HCA：https://data.humancellatlas.org/[https://data.humancellatlas.org/...
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可能是最全的单细胞数据库汇总（2023更新版本）
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单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder起因：最近有个问题样本，跑完cellranger，样本的cellranger结果如下，细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中，线粒体基因占比和双细胞率均很高，用scDb...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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NicheNet分析-1.顺一遍step_by_step的流程和CellphoneDB不同之处在于重点在受体下游基因\pathway激活情况来看配体的活性 NicheNet can predict which ligands from ...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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miloR分析-基于 KNN 图的细胞差异丰度分析方法
参考1、后续分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
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【生信实战】从马赛克到4K，极度震撼的Visium HD空间转录组近日10X终于发布了他们拥有亚细胞分辨率的空间转录组产品，并给出了一些列的测试数据。今天带大家进行一些基本的探索与实战 1 数据下载 这里笔者选择了10X给到的小鼠的脑组织进...
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单细胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc实现10x单细胞ATAC和单细胞RNA的上游分析。 为什么做单细胞ATAC分析单细胞转录组是单细胞技术中较为常用的方法，它分析的...
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nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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【单细胞】ggplot2美化monocle2轨迹展示结果前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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Monocle2拟时序报错：Error in orderCells: long vectors not supported yet
Error in orderCells: long vectors not supported yet 报错的具体信息： 这个报错的原因是细胞数量太多导致矩阵太大，在mono...
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CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
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Scanpy分析单细胞数据：轨迹分析PAGAScanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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肠道细胞类型及其marker
肠道细胞类型及其marker: seven known cell types were identified (Fig. 1, A and B):enterocyte cel...
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ktplots（一）：绘制个性化气泡图前言 Immugent最近淘到了一款非常好用的画图R包：ktplots，于是就迫不及待地的想把它分享给大家。总体来说，这个包非常的轻便，而且可以对我们常用的图进行美化和针对性...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...