AdelaideYio

适用背景 在R语言中，我们需要对字符串、向量和数据框等数据类型进行替换操作，有时候是因为需要更换别名，有时候是因为数据存在错误需要修正，有时候则是因为需要删除某些信息。本文将...

AdelaideYio

几乎搜遍了全网，发现没人在安装cellchat时报错，但是我总是遇到这个报错，请老师们指点是什么问题：代码： 随后就出现了如下报错！试了一整晚都解决不掉 请老师们指点

AdelaideYio

这样报的错：
>reticulate: py_install(packages ='umap-learn')
Error: object 'reticulate' not found

cellchat debug小记，人家的第一次哦！

目前你近几天如果初次运行cellchat，应该在运行到如下这几行命令会报错！！！ 报错如下，懂的都懂，不解释。 怎么报出的错呢？我们一步一步来看。首先我们运行了这一步命令，想...

PhageNanoenzyme

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AdelaideYio

小白想问：
“你可以打开命令行，使用pip install umap-learn安装，
当然有简单的办法，可以直接在Rstudio中使用安装reticulate: py_install(packages ='umap-learn')安装” 这个是怎么实现的😭
Rstudio里怎么跑pip conda这些命令呀😭

cellchat debug小记，人家的第一次哦！

目前你近几天如果初次运行cellchat，应该在运行到如下这几行命令会报错！！！ 报错如下，懂的都懂，不解释。 怎么报出的错呢？我们一步一步来看。首先我们运行了这一步命令，想...

PhageNanoenzyme

9147 2 6

AdelaideYio

你好，这一步CellChat为啥安装不下来呢：devtools::install_github("sqjin/CellChat")
依赖包也安装了，但还是报错：
ERROR: lazy loading failed for package ‘CellChat’
* removing ‘/home/u20211260004/R/packages/CellChat’
* restoring previous ‘/home/u20211260004/R/packages/CellChat’
Warning message:
In i.p(...) :
installation of package ‘/tmp/Rtmp4RIHvB/file59a7747fd468/CellChat_1.4.0.tar.gz’ had non-zero exit status

CellChat使用

1、软件的功能 CellChat主要可以做2部分工作： 1）受体-配体互作。CellChatDB包含人类和小鼠中具有文献支持的配体-受体互作关系，包括多聚体和辅酶因子； 2）...

生信成长日记

13502 2 9

AdelaideYio

最近在用CellphoneDB做细胞通讯分析 按照几位老师分享的前端流程，设置好conda环境、准备好要输入python的两位文件（metadata和counts）后，运行C...

AdelaideYio

@闪_8308 老师，我想他问的应该是，我们这个分享里是用“curl https://raw.githubusercontent.com/Teichlab/cellphonedb/master/in/example_data/test_counts.txt --output test_counts.txt”这个代码下载的示例数据做的分析，我们自己的count和meta文件要怎么导入到python里做分析呢？麻烦老师指点指点，我也不知道😭

CellPhoneDB

背景 受配体介导的细胞之间的通讯分析对于协调发育、分化和炎症等多种生物学过程至关重要。CellPhoneDB是一个受配体及其相互作用的数据库，有别于其他数据库的是CellPh...

闪_8308

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AdelaideYio

这两行代码“human <- useMart("ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
mouse <- useMart("ensembl",dataset="mmusculus_gene_ensembl”
跑的时候会报错，
“Ensembl site unresponsive, trying uswest mirror
Ensembl site unresponsive, trying asia mirror”，
好像要换镜像

生信笔记7-小鼠和人的基因名称转换

江湾青年

7444 4 7

AdelaideYio

这篇帖子真的写得太太太好了！

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