发简信
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判断GEO芯片数据表达矩阵是否需要log2转换通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方法就是，根据数值大小粗略估计：如果表达量的数值在50以内，通...
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如何找到称心如意的抗体--不要自己瞎找啦买抗体是永远的头等大事 试剂千万种，靠谱第一条，抗体没买对，延毕两行泪。你一定问过这个问题，怎么挑抗体？答案常有以下几点： 1. 买大品牌，CST、Abcam、Sigma、R...
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2021-07-23计划
今日计划： 1.回复实验为何目前只做化疗抵抗，后续做放疗抵抗（上午）2.取核酸检查报告（上午）3.看昭昭医考视频，复习执业医师（全天）4.阅读化疗抵抗的文献（全天）
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杂志社邮件
Dear professorsI am Ming Chen, the author of this study “Low expression of CHRDL1 and S...
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SCLC综述
近年来放疗和精准治疗成为 SCLC 研究热点。于放射治疗而言，介入的最佳时机、剂量和分割、照射范围和 PCI 逐渐达成共识或者通过研究遴选出优选方案； 于精准治疗而言，包括靶...
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《癌生物学》—珠江肿瘤《癌生物学》第八章 （1）细胞周期控制时钟 细胞周期时钟是一些相互作用的蛋白质网络，它们接收胞内和胞外的各种不同来源的信号，对其进行整合后决定细胞的命运。 细胞周期 G0期，...
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R语言学习笔记
1. apply，sapply，lapply，tapply，vapply以及mapply的用法 1.1 apply() apply（m，dimcode，f，fargs） m...
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“Simplicity is the ultimate sophistication.”
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其实这段代码我一直以来有一个问题：`model_lasso <- glmnet(x, y, family="binomial", nlambda=50, alpha=1)` 这里，为何family要选binomial？来自官方的说明：For binomial logistic regression, the response variable y should be either a factor with two levels, or a two-column matrix of counts or proportions. 在Glmnet官方示例文件中，载入数据的y是一个逻辑向量：`0 1 1 0 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 `这样的形势；这里对于表达组数据，我觉得family应该选“cox”更合适，这时候的y是一个两列矩阵，time/status，后者是一个binary变量，1代表死亡，0代表正常审查。survival包的`Sruv`方法可以产生这个矩阵。这也应该是我们最常用的类型。
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R语言操作——TCGA数据处理
获取表达矩阵，处理TCGA的count数据，1表示为行。 导入数据 加 ENTREZID列，用于富集分析（symbol转entrezid，然后inner_join） 转化空格...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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GSEA 从数据到美图0.输入文件和R包 文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。 gsea要求的输入数据格式是排序后的logFC值，数据类型为向量，向量名字是e...
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RColorBrewer与ggplot2如何用RColorBrewer包配置自己需要的颜色 使用RColorBrewer中默认的颜色RColorBrewer中的配色方案可以说是高大上啦，基本能够满足大部分的使用场景...
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2021-03-05回复编辑的信件： Frontiers in Molecular Biosciences[https://www.frontiersin.org/journals/698]Mo...
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2021.03.03抗体 1. VEGF 和IL-6的抗体购买： VEGF VEGFA和MDSC的密切关系 文献（1）：Inhibition of JAK2/STAT3 reduces tumo...
