使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featureCounts(count计数), DESeq2(差异分析)...
IP属地：重庆
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RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
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国家基因组科学数据中心（NGDC）---组学原始数据如何上传GSA前言 在发表文章之前我们需要将测序的原始数据上传到一个公共库，并在文中提供accession number，实现数据的公开共享，这是国际惯例。以前我们上传数据时只能上传到美国...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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整合QC质控结果的利器——MultiQC一、MultiQC介绍 NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估，每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。不少生...
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MCScanX安装与使用 (2022)为什么要写这篇文章：最近因为需要用到MCScanX画两个物种的共线性点图，但是发现搜到的blog中所提供的安装方法都不太相同，且在都会出现或多或少的问题，另外搜到的所有blo...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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orthofinder分析泛基因组及可视化数据准备GeneCount文件包含了所有同源基因组数目不为1的所有基因组，在各个样本中的数目；UnassignedGenes文件则包含了仅包含一个基因的同源基因组的样本来源信...
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
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Pannzer2 | 推荐一款强大的Gene Ontology注释网站很多时候，我们一直想做到出色，做到出彩，但是比我们优秀的人，却在相同的方向上，做了十年，出彩了十年，而且他们没有停下脚步~~ 写在前面 Emmm，GO注释常常是一个有点争议的...
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使用AnnotationForge包自定义Orgdb包参考1：https://www.jianshu.com/p/68f7b663c5ff[https://www.jianshu.com/p/68f7b663c5ff]参考2：h...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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全基因组复制 WGD |（一）简介
01 什么是全基因组复制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/复制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因组内的所有序列都发生重复，...
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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线粒体序列信息提交NCBI2021-07-31NCBI主页进入提交界面 附上提交界面网址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/[https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/...
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使用newick_utils 编辑树文件
Newick格式是进化树最为普遍的储存格式，为方便研究人员更好地对newick格式的文件进行操作，2010年，来自瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of ...
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跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析：植物线粒体基因组组装流程GSAT初步尝试论文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
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Word里插入图片，转化为PDF，怎样保证高分辨率在word里插入图片后，图片会被压缩，放大后不清晰，那么怎么保证不被压缩呢？ 打开Word， 点击文件-选项，然后弹出Word选项对话框，选择高级，在图像大小和质量中的默认分...
