一、简单分类 1. 行内公式 将公式插入到本行内，符号：$公式内容$，如：$xyz$ 2. 行间公式 将公式插入到新的一行内，并且居中，符号：$公式内容$，如：$$xyz$$...
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Markdown数学公式语法
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K-mer分析独立实验 将某随机试验重复N次，若各次试验结果互不影响，即每次试验结果出现的概率都不依耐于其他各次试验的结果，则称这N次试验是独立的。 贝努利试验（Bernoulli tri...
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转录组分析实战第一天就踩的坑——sed与换行符的恩怨
题目是这样的： 统计SRR1039510_1.fastq.gz碱基总数 1575000 由于上一题已经列出了该文件中所有的序列 于是我想，这还不简单，直接wc -c 但是，...
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【生信技能树培训】R语言中文件的读取文件读取 一、csv格式文件的打开 用Excel打开 用记事本打开，打开后显示逗号分割每一列 sublime打开（适用于大文件） csv的本质是纯文本文件。 R语言中读取CS...
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【生信技能树培训】R语言基础【20230112更新】本培训使用R 4.2及以上版本。 一、前言 用R分析数据得出结果，需要解决两个问题： 用什么包/函数来处理数据？如何整理数据，使得数据可以套进函数里进行处理？ （一）在R中新...
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给BAM文件建立索引：用于可视化
当进行完比对后，有时想要在IGV里面直观的查看比对的结果，这时候就需要在IGV里面加载BAM文件。同参考序列一样，BAM文件在IGV里面进行加载前需要创建索引。可以通过两种方...
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努力努力再努力~<br>个人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
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个性化生信分析
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给FASTA文件建立索引2：用于比对
进行序列比对之前，需要首先对参考基因组序列建立索引，这样使程序在运行时能更高效的进行比对。用bwa工具举例（假设用于比对的参考基因组序列文件为AF086833.fa）： 每个...
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vim中批量删除包含某一字符串的行
情况：在下载的样本信息文本中，有些值是missing，于是想把这些值都删去。 方法：在vim中的命令模式输入 另存为samples_withoutmissing.txt，并退出。
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根据项目编号从NCBI上下载样本信息
发表的文章，如果其数据储存在NCBI上，那么应该会在文章中告诉NCBI上的项目编号，我们可以据此下载这篇文章涉及的原始测序数据，样本信息，蛋白序列等信息，只要是作者上传在了N...
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IGV的安装与使用
什么是IGV？ IGV=Integrated Genomics Viewer, 即序列比对的可视化呈现的一个软件。参考序列可以导入文件，也可以在线搜索相应的基因组数据，然后将...
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不再更新
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给FASTA文件建立索引1：用于查找
给FASTA文件建立索引的目的是为了更快速的访问序列文件的某一特定的内容。比如，可以通过指定基因组中的具体某个染色体上的某段位置，来找到其对应的序列。 实现方法是通过samt...
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Samtools工具的安装
samtools用于操作Sam文件和bam文件，即储存序列比对信息的文件。1，首先需要下载samtools包的压缩文件，访问https://github.com/samtoo...
