刘综一

标准的seurat流程可以这样进行，包括创建对象，标准化，寻找高突变特征，归一化，聚类等 ①创建 Seurat 对象 首先要明白 Seurat 对象的构成。Seurat 对象...

信你个鬼

思考：来自运来大佬的笔记(现在走的路都是大佬为我们铺好的路，要学会珍惜！) 如何将空间数据与表达数据关联在一起？ 有了空间转录组数据，如何与单细胞转录组数据联用？ 做了多层切...

可爱的一只帆

一、数据集准备 参考数据集（reference ） 查询数据集（query ） 参考数据集和查询数据集整合之后的数据集（anchors） 建议数据集在使用前进行Normali...

Seurat_Satija

单细胞参考映射简介 在此教程中，我们首先构建一个整合的参考集，然后演示如何利用此参考集来注释新的查询数据集。生成参考集可以参考该文[https://satijalab.org...

单细胞空间交响乐

这一篇我们做一个详细的总结，周五了，疫情还没结束，父母也都老了，有时候真的感觉身为儿子实在不孝，常年在外，回家很少，家里有点事父母也不会跟我这个儿子说，小病小灾的也舍不得去医...

木夕月

可视化Visualization Convert bam to BigWig 1. bam to bedGraph：bedGraph存放区间的坐标轴信息和相关评分的文件，一共...

felix108

与传统的转录组测序相比，单细胞测序技术噪声很大，使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件（导致基因表达量为0或接近0），即使是一些标记（Marker）基因也有可能表达...

KS科研分享与服务

关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...