1. 软件作用 目前叶绿体基因组分析软件与在线网站十分丰富，但是集成式、流程化的软件比较少，往往要使用多个网站或生信软件才能完成分析，CPStools通过集成多种叶绿体基因组...
IP属地：宁夏
-
CPStools的学习与使用
-
您好，这里是比较完整的步骤https://zhuanlan.zhihu.com/p/422628637
在NCBI上上传叶绿体基因组
Bankit（也可使用该项上传trnl-F序列） 在使用Bankit上传叶绿体基因组时还需要准备一些前提文件： 第一个：...
-
-
可变剪切分析及可视化可变剪切的可视化 ggsashimi.py 从github https://github.com/guigolab/ggsashimi[https://github.com/...
-
IGV绘制寿司图（sashimi plot）前言： IGV（Integrative Genomics Viewer基因组浏览器）是一个将基因组学数据可视化的可交互工具，具有图形界面，高性能且易于使用。可用于展示和查看基...
-
叶绿体基因组组装软件getorganelle安装与使用1.安装getorganelle 2.安装叶绿体基因组等数据库 小插曲：在安装参考基因组时发现报错：ERROR: Blast is not available!当时以为是bl...
-
不过这个软件不是很大，可以考虑在windows上装个linux的虚拟机
ITSx软件的安装（提取ITS序列）
该软件可以自动从序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并标注位置，下面是这款软件的安装与使用方法。第一步 拼接核糖体基因组 第二步 下载ITSx安装包 第三步 安装软件...
-
@Hi彭于晏 emm，这好像是不行的
ITSx软件的安装（提取ITS序列）
该软件可以自动从序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并标注位置，下面是这款软件的安装与使用方法。第一步 拼接核糖体基因组 第二步 下载ITSx安装包 第三步 安装软件...
-
R语言——相关性分析和热图绘制参考链接：https://mp.weixin.qq.com/suT5X_RbAildMmDM0W3R0sg[https://mp.weixin.qq.com/suT5X_Rb...
-
@晚餐肉 您好，这里的sepcific_species是您所需要构建的系统发育树中的外类群哦，就看您的外类群是哪个了。
使用orthofinder查找单拷贝基因并建树
本文主要是对这篇文章利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/52c2...
-
STRING中做蛋白质互作（PPI）网络调控图及GO、KEGG分析1.什么是蛋白互作？ 在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（proteinprotein interaction network，PPInetwo...
-
看了下，我写的确实是有一点跳跃，很多基础知识我没有写出来。其实也可以不用这么麻烦，如果你的服务器上安装了conda或者miniconda,就可以使用conda install -c bioconda itsx=1.1.3命令进行安装,可以节省很多不必要的麻烦，安装完成后可以直接使用ITSx -i test.fasta -o test命令进行提取，其中-i后是输入文件，即你想要鉴定的序列，-o后是输出文件的前缀
ITSx软件的安装（提取ITS序列）
该软件可以自动从序列中提取ITS1、ITS2、5.8S的序列并标注位置，下面是这款软件的安装与使用方法。第一步 拼接核糖体基因组 第二步 下载ITSx安装包 第三步 安装软件...
-
@云巅之上 这种情况是不是考虑一下重新测序一下呢，我也遇见过这种情况，实在没办法了重新送样补测的
在NCBI上上传叶绿体基因组
Bankit（也可使用该项上传trnl-F序列） 在使用Bankit上传叶绿体基因组时还需要准备一些前提文件： 第一个：...
-
@吃个核桃补补脑 好的，谢谢建议，本人菜鸟一枚，怕出错所以才搞这么复杂
黄酮合成通路基因鉴定软件gfanno安装与使用
1. 背景 该软件使用HMMSearch和BLASTP的经典注释流程，为了确保提供注释参数的准确性，使用11种双子叶植物、7种单子叶植物和2种基部被子植物基因组构建了三个数据...
-
@云巅之上 可能不行，因为NCBI他们现在检测比较严格，除了ATCG外的其他字符不能识别，建议更换软件或者调一下参数重新拼接下
在NCBI上上传叶绿体基因组
Bankit（也可使用该项上传trnl-F序列） 在使用Bankit上传叶绿体基因组时还需要准备一些前提文件： 第一个：...
-
黄酮合成通路基因鉴定软件gfanno安装与使用
1. 背景 该软件使用HMMSearch和BLASTP的经典注释流程，为了确保提供注释参数的准确性，使用11种双子叶植物、7种单子叶植物和2种基部被子植物基因组构建了三个数据...
