我的数据没有start和end,只有一个位点,应该怎么转换呢?
LINUX | liftOver:基因组坐标转换hg38到hg191 准备bed文件(R) 2 下载坐标转换对应文件,hg38TOhg19 3 下载转换工具 4 进行转换 5 查看结果
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《KEGG信号通路数据库使用》应该在哪里找啊?想知道详细的KEGG Mapper的用法。蟹蟹
解螺旋《KEGG信号通路数据库使用教程》学习笔记KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因与基因组百科全书 特点: 综合数据库,建立了跨物种联系。 基于可计算的形式捕...
最近学习画单细胞的拟时序轨迹图,有一些收获。大家经常使用的一般是monocle,DPT等;RNA velocity是一个比较复杂的方法,它通过细胞转录时细胞内成熟mRNA和m...
我们日常在ggplot绘图时,使用的都是 最近新发现了一个颜色版;可以通过 ggthemes的命令 scale_color_tableau()获得: 感觉挺好看的,默认的是"...
高通量: 10X(3′ or 5′ scRNA-seq methods ) 特点:只有部分基因体覆盖较低的细胞覆盖深度 低通量: SMART-seq2 特点:较低的细胞通量(...
展示字符串的利器,画一个漂亮的词云图 最简单的使用 设定特定的形状
最近刚好用到韦恩图,但是由于term比较多,VennDiagram的可视化效果并不好。然后再一个帖子里看到了UpSetR和Y叔的改进版本upsetplot。 UpSetR 一...
三阴性乳腺癌是乳腺癌的一种亚型,其特征是缺乏雌激素受体(ER:estrogen receptor)、孕激素受体(PR:progesterone receptor)和HER2扩增。
还不太完善,有时间会慢慢补充。有问题的可以提问,一起研究。
功能注释富集分析工具总结最近用来做功能注释的方法非常多,走过多个坑之后,对功能注释做一个总结。 我们常用的功能注释也就是GO,KEGG,和Reactom,MSigDB数据库都有提供其gmt文件,对于...
码住,有时间写