jupyter中的对象（h5ad格式），想要转移到R中进行进一步的分析，如何操作？有很多方法， 方法一： jupyter提取数据的表达矩阵和信息后，在R中自己手动构建seur...
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h5ad 转换为 R中的seurat对象 rds保存
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Rstudio server卡死快速解决 20260505终端可以正常登录并且运行代码，但是前端rstudio-server一直登录不上，通过终端快速重新登录的办法： 再去前端刷新，就会发现OK啦~祝你成功！ 欢迎大家评论交流！（每...
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不需要设置细胞数目，只需要在运行前对数据进行标准化就可以，因为计算默认是基于data的。
CellCycleScoring报错
运行library(harmony)后代码如下： s.genes <- cc.genes$s.genesg2m.genes <- cc.genes$g2m.genessce....
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通路基因高级连线圈图饼图背景 看到很多高分文章中都包含这种多个通路富集的图，很直观的表现出富集的大类功能通路，形式也十分美观，已有aPEAR，emapplot等包/函数来进一步绘制网络图。 目的 现...
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全外显子组测序分析 - 流程2一、基础背景 根据研究对象和目的的不同，选择后续进行胚系突变还是体细突变的分析。 定义： 胚系突变是发生在生殖细胞（精子和卵子）中，由父亲的精子或母亲的卵子带来的，是一出生就...
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全外显子组测序分析 - 流程1
使用一个数据样本（EXON_FYY_1.fastq.gz，EXON_FYY_2.fastq.gz）作为示例，样本多可以写成循环。 Step 0：创建目录 原始测序数据放在0....
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全外显子组测序分析 - 背景一、全外显子组 vs 全基因组概念 1. 测序范围 全外显子测序（WES） 仅针对基因组中外显子区域（约占全基因组的1-2%），即能够编码蛋白质的部分进行测序。目标区域约为3...
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GEO下载的SRA文件只得到1个fastq将SRA文件转成fastq文件可以用fasterq-dump或者parallel-fastq-dump，其中parallel-fastq-dump可以指定多线程，因此速度更快...
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Drug2Cell 安装及使用教程简介 Drug2Cell 是用于scanpy中基因组活性评估的效用函数的集合，既用于每个细胞评分，也用于基于标记的富集/过表示分析。Drug2cell利用已建立的方法，并以方...
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@我们一起舔过铁栏杆 您好，原文章指出都大于0.9是最好的，但是在张泽民老师泛癌NK那个文章中，大部分细胞类型ROGUE 值都大于0.8，但也有一个细胞类型在0.75一下。我个人感觉整体在0.8以上也可以接受，当然值越大纯度越高更好，但是还得结合具体的问题考虑。
ROGUE： 细胞亚群纯度评估
在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
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@Ying_41b7 c和t分别代表对照组和实验组哈~
TEtranscripts安装及使用大全（202406）
本文主要介绍TEtranscripts，常用于转座子研究。官网：https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/[h...
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单细胞测序技术scRNA-seq及其在动物学上的应用《动物学科学研讨》课程老师让介绍一种测序技术，及其在动物学上的应用的，PPT共享！ （每帖分享：时间应该被用在有价值且让你快乐的地方，而不是无意义且扰乱心情的事情）
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FeaturePlot画图让有表达的点展示在上方在使用FeaturePlot画图的时候会因为细胞太多存在一些细胞被覆盖的现象，导致表达某基因的细胞由于处于底层而展示不出来。我们如果想要让表达特定基因的细胞都展示在上层，从而...
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利用cellranger构建病毒基因组并整合到人中定量分析1.软件和参考基因组文件下载 cellranger下载 建议下载比较新的的，我这个是因为想和原文保持一致所以才下载的老版本官网下载：https://www.10xgenomi...
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R构建seurat和scanpy 重复基因处理方式不同在处理病毒数据的时候遇到一个问题，由于有不同病毒对应的 蛋白编码基因相同，导致读取的时候出现问题：主要是在R中"ORF1ab"读取为0但是scanpy中读取为13.548，这...
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destiny包安装 (libstdc++.so.6报错)为了使用DiffusionMap，需要安装destiny，但是遇到报错libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.30' not found尝试了...
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Rstudio server卡住无法启动多次遇到rstudio-server服务器自己的用户登录不上，一直卡着，但是别人的用户能正常使用的情况，一般都是自己用户下出现了问题，下面总结几个常用到有助于快速重新登录的办...
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ROGUE： 细胞亚群纯度评估在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
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SeuratDisk R包安装 & .h5ad转换为seurat对象h5Seurat 文件格式专门用于存储和分析多模态单细胞和空间分辨表达实验数据，例如来自 CITE-seq 或 10X Visium 技术的数据。它包含所有分子信息和相关的元...
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泛癌内皮 血管生成 炎症 2024 NSR(张泽民)Jinhu Li, Dongfang Wang, Fei Tang, Xinnan Ling, Wenjie Zhang, Zemin Zhang, Pan-cancer i...