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越来越懒了，不想写记录呀！算了，强迫自己一把！ 水平有限，若有错误，恳请指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工过程中的精细调控对基因的表达具有重...

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作者，Evil Genius 今天有人问我，HD的出现是否会取代visium,我个人觉得短期不会，visium和HD会并行存在很长时间，现有的visium数据也也很大部分没有...

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影响因子：7.3 研究概述：作为最致命的乳腺癌亚型，三阴性乳腺癌（TNBC）是一种侵袭性极强的内分泌恶性肿瘤，复发率和远处转移率都很高。尽管化疗和新辅助免疫疗法在改善患者预后...

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官方文档： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA...

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单细胞转录组，因为其技术原因，在很多时候，会造成双细胞的情况，一般我们进行基础的质控之后，好点的数据是没有问题的。目前也有很多算法进行双细胞的预测，但是一定要注意，无论是哪种...

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单细胞转录组测序的差异基因表达分析是一种用于比较不同细胞之间基因表达水平的方法。在单细胞RNA测序数据中，每个细胞的基因表达水平都被测量，并以基因计数矩阵的形式进行存储。差异...

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第八节：拟时序细胞轨迹推断 在本节教程中，我们将学习如何通过拟时序分析推断细胞分化轨迹。slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它...

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1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...

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GNN 输入：邻接矩阵A➕点的特征X 优势：传统输入的格式是固定的，GNN可以接受更加复杂的数据结构 任务：graph级别的任务：对整个图进行分类或预测Node或edge级别...

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RSS特异性指数   继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...

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影响因子：8.8 研究概述：膀胱癌是最常见的尿路上皮癌，其中肌层浸润性膀胱癌（MIBC）往往进展迅速并发生转移，死亡率高。虽然免疫疗法在肌层浸润性尿路上皮癌（MUC）的治疗中...

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机器学习根据任务的不同，可以分为监督学习、无监督学习、半监督学习、强化学习。具体总结成如下图所示： 监督学习 训练数据包含了类别信息。要解决的问题是分类和回归，分类典型的算法...

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转移性黑色素瘤的综合基因组分析：来自7个意大利癌症中心的网络筛查结果 Comprehensive genomic profiling on metastatic Melano...

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1. 整合不同数据集中同一类细胞方法： 该方法来自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...

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单细胞5端测序就是再在每一个单独的GEM里，除了 Gel Bead表面携带的Barcode和UMI所在的核酸序列，还有游离的poly-dT作为引物来结合RNA 3'端 pol...

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适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...